La chancellerie de Sa Majesté a été officiellement fondée par Paul Ier (r. 1796-1801) en 1796. Centralisant davantage le pouvoir, Nicolas I (r. 1825-1855) a considérablement élargi le pouvoir et le rôle de la chancellerie dans le gouvernement, le plaçant au-dessus de la bureaucratie régulière et sous son contrôle direct. Au fur et à mesure que la bureaucratie russe se développait au cours du XIXe siècle, les empereurs luttèrent pour maintenir un contrôle personnel sur elle et pour lui faire exécuter la volonté impériale. La chancellerie était une solution à ce problème. Il a fourni un mécanisme pour un plus grand contrôle monarchique sur le gouvernement et la société, et il a donné à l'empereur l'occasion de contourner l'inertie bureaucratique.
En 1826, deux départements ont été ajoutés à la chancellerie. La première section a préparé des documents et des papiers pour l'examen de l'empereur et a supervisé le personnel de la bureaucratie. La deuxième section a travaillé sur la codification des lois de l'empire, aboutissant à la publication en 1832 de Les lois fondamentales de l'empire russe. Après la mort de l'impératrice Maria Fedorovna en 1828, une quatrième section a été créée pour gérer ses importantes dotations caritatives. En 1836, une cinquième section étudie les conditions de vie des paysans de l'Etat et met en œuvre des réformes destinées à les améliorer. Contrairement aux serfs, qui appartenaient à la noblesse, les paysans de l'État appartenaient à l'empereur, ce qui donnait au gouvernement une plus grande flexibilité en matière de réforme. Plus important encore, ses recherches devinrent la base de l'émancipation de la législation sur les serfs adoptée par Alexandre II en 1861. En 1842, une sixième section fut chargée de l'établissement du contrôle administratif russe dans le Caucase. Ces deux dernières sections avaient une existence relativement courte et ont été fermées lorsque les tâches qui leur étaient assignées étaient terminées.
La troisième section, fondée en 1826, est devenue la partie la plus célèbre - ou infâme - de la chancellerie, en raison de ses fonctions de police et de surveillance équivalentes à un service de renseignement interne. C'était un organe d'État relativement efficace pour la collecte et l'analyse d'informations et pour la mise en œuvre de la volonté de l'empereur. Cinq sous-sections s'occupaient de tâches très diverses. Le premier d'entre eux était le plus secret, et probablement le plus important du point de vue du gouvernement. Il a mené des enquêtes sur les crimes politiques, maintenu la surveillance de la société et surveillé les groupes et les individus jugés politiquement peu fiables. Après les révolutions de 1848 dans plusieurs pays européens, ses activités s'intensifièrent, reflétant la peur grandissante du gouvernement et de Nicolas de pénétrer les idées révolutionnaires radicales en Russie. Une deuxième sous-section traitait de la corruption et du crime au sein de l'appareil d'État. Le troisième surveillait les étrangers vivant en Russie. Le quatrième gérait et contrôlait les relations entre paysans et propriétaires terriens. La censure et le contrôle des imprimés ont été attribués à la cinquième sous-section.
La troisième section avait également un organe exécutif connu sous le nom de corps de gendarmerie, qui étaient des représentants personnels de l'empereur. Les membres du corps ont été affectés aux gouvernorats individuels et aux grandes villes, où ils ont joué le rôle d'arbitre entre la société et les gouvernements locaux tout en supervisant les deux. Le corps a fourni à l'empereur des informations fiables sur l'état de son empire. Cependant, Nicolas ne pouvait pas contrôler complètement la machine bureaucratique qui était sa chancellerie. Par exemple, la troisième section a maintenu la surveillance sur l'héritier du trône, le grand-duc Konstantin Nikolaevich, illégalement et à son insu ou à l'insu de l'empereur.
Dans les années 1880, la chancellerie subit une sérieuse réorganisation. Beaucoup de ses fonctions ont été transférées aux ministères et à la bureaucratie centrale. Le ministère de l'Intérieur a repris bon nombre des responsabilités de la troisième section. Le corps de gendarmerie est resté en existence jusqu'en 1917 en tant que force de police d'élite, mais sa position centrale n'a pas survécu après la mort de Nicolas Ier.