Des variations extrêmes se sont produites dans le paiement des salaires des marins, selon la période, le type de navire, l'itinéraire et le commerce. Cependant, le voyage reste l'unité de base, qui détermine les intervalles de paiement jusqu'au vingtième siècle. Avant chaque voyage, un marin a signé un contrat d'équipage qui stipulait le salaire pour l'ensemble du voyage. Au cours de différentes périodes historiques, trois principaux types d'accords salariaux sont apparus dans la marine marchande. Le premier type connu, dominant dans la navigation médiévale, était le système de partage, selon lequel les membres de l'équipage étaient payés avec une part proportionnelle des bénéfices. Ce système a continué dans les temps modernes dans la chasse à la baleine et la pêche côtière. Le XVIe siècle a vu le passage des actions aux salaires; à cette époque, un montant fixe d'argent était payé pour le travail sur un voyage particulier. Ce système coexistait en partie avec le troisième type de convention salariale, le salaire mensuel, qui reste le type le plus courant au XXIe siècle.
Le système de rémunération maritime diffère radicalement de celui de la main-d'œuvre à terre. Historiquement, en règle générale, les salaires étaient payés à la fin de chaque voyage et les salaires des gens de mer arrêtés au port, une coutume qui a été progressivement abolie au milieu du XXe siècle. «Le fret est la mère du salaire» était une autre règle affectant les salaires des marins jusqu'au milieu du XIXe siècle. Dans l'ensemble, le droit au salaire d'un marin dépend du gain de fret du navire: si le fret est perdu, le marin perd tous ses droits sur son salaire. Dans les départements du pont et des machines, le niveau de salaire était strictement déterminé par le grade. Pour l'équipage de restauration, surtout entre les deux guerres mondiales, la classe de passagers à laquelle ils étaient affectés affectait le niveau de rémunération, car les pourboires étaient plus substantiels en première classe. Ceux qui n'avaient pas accès aux passagers, comme les stewards du réfectoire, avaient les moins bonnes chances de gagner. La promotion impliquait l'attribution d'un poste où plus de pourboires pourraient être faits. Le système de rémunération des gens de mer ressemble de plus en plus à celui du travail à terre; par exemple, en conjonction avec d'autres industries, le système de bonus a été introduit sur les plus grands paquebots dans les années 1920.
Les gens de mer ont été la première main-d'œuvre mondialisée au monde, et donc la première à être efficacement exploitée. Depuis l'époque médiévale, les armateurs ont pleinement profité de la disponibilité de main-d'œuvre étrangère, ce qui a maintenu les salaires bas et a provoqué des tensions raciales parmi les gens de mer. À la fin du XIXe siècle, les marins européens étaient la source de main-d’œuvre bon marché dans l’Atlantique Nord. Cependant, il y avait des variations extrêmes dans les niveaux de rémunération entre les ports, de sorte que les ports où les salaires étaient plus élevés étaient également les points de désertion les plus populaires. Pour les marins, le saut de bateau était une méthode efficace de négociation des salaires; les marins ont profité de la fluctuation de l'offre de main-d'œuvre et ont cherché à négocier les meilleurs salaires possibles pour eux-mêmes.
Les salaires des gens de mer incluraient normalement l'entretien, de sorte que les marins ont traditionnellement considéré la nourriture comme une partie importante de leur salaire, et les armateurs, pour leur part, essayaient souvent d'augmenter leurs profits en fournissant aux marins des provisions de qualité et de quantité inférieures. Par conséquent, la qualité des aliments est devenue une source de friction constante à bord. Le vol, la contrebande et le vol des cargaisons des navires étaient également des sources de revenus supplémentaires pour les marins. Cela découle en partie de l'ancienne coutume selon laquelle les gens de mer étaient autorisés à transporter des marchandises pour leur propre compte.
Au XVIIIe siècle, le système d'avance était devenu un élément essentiel de la rémunération des marins. En période de pénurie de main-d'œuvre, certains capitaines payaient un à deux mois de salaire à l'avance afin de garantir une offre de main-d'œuvre suffisante. Le système d'avance est également devenu un atout majeur dans le recrutement car il permet aux marins d'avoir un accès immédiat à de l'argent pour rembourser leurs dettes et approvisionner leur famille. Crimps (les agents de l'emploi de la ville de marin et les capitaines d'embarquement) a profité de cet arrangement en offrant des logements et des crédits à intérêt élevé aux marins dans l'espoir de recevoir en retour le salaire anticipé des marins. Ceci, à son tour, a conduit au shanghaiing, une pratique par laquelle un marin a été transporté à un navire contre sa volonté, souvent en état d'ébriété, et s'est inscrit à un voyage en échange de son salaire anticipé.
Au XIXe siècle, le changement technologique de la voile à la vapeur a conduit à des changements dans les salaires des marins et à des niveaux de rémunération différenciés. À l'époque des navires à vapeur, les horaires des navires sont devenus plus strictement définis et, par conséquent, les salaires sont devenus plus réguliers. Cependant, les inégalités de rémunération sont devenues de plus en plus un problème. La main-d'œuvre maritime océanique était divisée en personnes employées sur les voiliers, les bateaux à vapeur, les paquebots et les paquebots. Dans une certaine mesure, cette différenciation était également hiérarchique: les Noirs britanniques, les citoyens noirs coloniaux et les non-Européens ont obtenu les emplois et les itinéraires que personne d'autre ne voulait. Sur les navires britanniques, 35 pour cent des marins étaient des lascar (indiens) et d'autres marins étrangers en 1911. Cependant, les équipages des paquebots transatlantiques restaient presque 100 pour cent blancs. Les voiliers offraient des salaires inférieurs à ceux des paquebots; les écarts de salaire entre les voiliers et les bateaux à vapeur se sont élargis de 20 à 30 pour cent dans les années 1880 à 40 pour cent dans les années 1890. En outre, sur les navires à vapeur, les services de pont et d'ingénierie recevaient un revenu mensuel régulier de la compagnie maritime pour des heures de travail réglementées, tandis que le personnel de restauration travaillait sans restriction d'heures et recevait une partie de sa rémunération des passagers sous forme de pourboires. En conséquence, le nombre de passagers transportés est devenu un facteur crucial dans la détermination du revenu des gens de mer modernes. Pour l'équipage de ligne de passagers, les salaires restent saisonniers et les revenus sont difficiles à prévoir. Au XXIe siècle, la plupart des gens de mer naviguent sous des pavillons de complaisance, qui peuvent employer leur main-d’œuvre en dessous des normes syndicales avec une sécurité de travail minimale.
Il y a une tendance croissante à recruter de la main-d'œuvre maritime des pays du tiers monde. Les salaires sont devenus une ségrégation raciale: les marins noirs ont des perspectives de carrière non rentables, et ils continuent à être employés sur des itinéraires et des postes qui ont un salaire inférieur et des périodes de travail plus longues. Il en va de même pour les femmes qui, avec des marins noirs, restent les marins de classe basse de la période moderne.