Bien que les explorateurs naviguent sur la côte californienne depuis les années 1540, la baie de San Francisco est restée inconnue jusqu'en 1769. En 1776, les Espagnols ont établi une mission et un presidio militaire à San Francisco, mais la ville avait une importance économique limitée jusqu'à la fin des années 1830. Les loutres de mer ont amené des commerçants de fourrures russes et britanniques dans la zone côtière, mais le commerce des fourrures avec l'Asie et l'Europe a favorisé le développement urbain. Le rôle économique majeur de San Francisco était de faciliter le commerce des cuirs et suifs produits sur la grande Californie ranchos proche; ces matières étaient exportées vers les industries de la chaussure et du savon en Grande-Bretagne et en Nouvelle-Angleterre.
Juste avant que le Mexique ne cède la Californie aux États-Unis en 1848, de l'or a été découvert près de Sacramento. Cet événement unique a transformé San Francisco en centre commercial et financier de la côte Pacifique. Aux quais et aux entrepôts de la ville, les marchands ont transféré les produits manufacturés des navires britanniques et orientaux vers les bateaux à vapeur qui remontaient les rivières Sacramento et San Joaquin dans les contreforts de la vallée centrale et de la Sierra. L'essor de l'exploitation minière à grande échelle après 1850 a tellement stimulé le développement industriel qu'entre 1860 et 1900, les fonderies minières et les entreprises de machines-outils étaient les plus grands employeurs de la ville et, en 1875, ils ont fourni une grande partie de l'équipement minier pour l'Australie et le Sud. Afrique. La création du San Francisco Stock and Exchange Board en 1862 a également grandement facilité les investissements locaux et étrangers dans les mines de Californie et du Nevada.
Pourtant, ce ne sont pas les mineurs, mais les marchands locaux qui les approvisionnent, qui s'enrichissent de l'exploitation minière. Les commerçants ont réinvesti leurs bénéfices dans des entreprises liées au commerce telles que la banque, l'assurance, l'immobilier et le transport maritime et ferroviaire. Par exemple, la Pacific Mail Steamship Company a construit un chemin de fer à travers l'isthme de Panama en 1855, et a ainsi dominé les voyages de passagers le long de la côte ouest de l'Amérique du Nord jusqu'à l'achèvement du chemin de fer transcontinental en 1869. Par la suite, la compagnie (avec Matson et autres lignes de fret) ont réexporté une grande partie du bois, des céréales et du saumon en conserve du nord-ouest du Pacifique vers l'Asie, l'Australie et l'Amérique du Sud. Le monopole de San Francisco sur le commerce hawaïen a également fait progresser l'industrie de la ville la plus rentable à la fin du XIXe siècle - le raffinage du sucre - mais l'espace limité sur la péninsule a découragé une nouvelle expansion industrielle. À l'exception de la construction navale (favorisée par l'ouverture du canal de Panama en 1914 et par les deux guerres mondiales), San Francisco était en grande partie une économie de services en 1900.
Jusqu'en 1869, Oakland était commercialement insignifiant. Cette année-là, cependant, la ville est devenue le terminus ouest du chemin de fer transcontinental, ce qui en fait un point de transbordement important entre la terre et la mer. L'agriculture est devenue le plus grand secteur de Californie en 1875, et les réseaux de transport d'Oakland et l'abondance de l'immobilier ont rapidement attiré des entreprises qui transformaient, conservaient et préservaient les produits agricoles de l'État. Bien que son port ait finalement été éclipsé par Oakland (et par Los Angeles qui, n'ayant pas de port naturel, en avait construit un en 1914), San Francisco a élargi sa portée financière en abritant une banque de réserve fédérale et les empires bancaires de Wells Fargo et Banque d'Amérique.
La Seconde Guerre mondiale a renforcé la place de ces villes dans l'économie mondiale. Les industries de la défense ont jeté les bases des entreprises de haute technologie et d'Internet qui tirent désormais bon nombre de leurs services commerciaux de San Francisco. Oakland a fourni des navires et des aires de rassemblement pour les troupes et les marchandises, et a obtenu sa place en tant que grand port international en construisant les premiers terminaux de porte-conteneurs de la côte ouest en 1962. En 2000, ces villes ont ancré des zones de commerce extérieur (zones bénéficiant d'exemptions tarifaires spéciales destinées à promouvoir les fabrication et transformation de biens destinés à l'exportation) qui ont exporté 60 pour cent de leurs marchandises vers la Chine et l'Asie de l'Est.