Les aborigènes comprennent que leurs ancêtres ont toujours été sur le continent australien, et les archéologues ont daté leurs restes à plus de quarante mille ans. Les contacts entre Européens et aborigènes étaient sporadiques, des expéditions hollandaises, portugaises et britanniques à travers l'océan Indien au XVIIe siècle aux explorations britanniques et françaises de l'océan Pacifique au XVIIIe siècle. L'explorateur James Cook (1728–1779) a navigué sur la côte est de l'Australie en 1770, la revendiquant pour la Grande-Bretagne, et en 1788, les gens de Cameragal, Gayimai et Cadigal autour de ce qui est maintenant Sydney, ont assisté à l'arrivée de centaines de condamnés et de soldats. Contrairement aux précédents Européens qui allaient et venaient, ce groupe est resté pour établir une nouvelle colonie pénitentiaire.
Partout où les Britanniques ont établi des communautés pastorales, pénales et maritimes - à l'intérieur des terres de Sydney, en Tasmanie, autour de la baie de ce qui est aujourd'hui Melbourne - les aborigènes ont été déplacés des terres traditionnelles, ont été parfois tués par des colons, sont tombés malades et sont souvent morts d'exotiques maladies, en particulier la variole. À l'occasion, au cours de cette première période, des rencontres entre cultures ont abouti à des relations familiales, sexuelles ou de compagnonnage continues: les femmes autochtones de Tasmanie vivaient et avaient des familles avec des chasseurs de phoque et des baleiniers britanniques; des condamnés britanniques évadés, parfois incorporés dans des communautés autochtones; et les hommes indigènes connus de l'histoire, comme Bennelong (1764–1813), ou Baneelon, ont formé des amitiés avec des fonctionnaires britanniques, quoique initialement involontairement, et voyagent occasionnellement en Angleterre.
À partir des années 1830, les aborigènes des colonies britanniques du sud et de l'est (Nouvelle-Galles du Sud, Tasmanie, Victoria) sont de plus en plus gérés par les gouvernements par le biais de divers actes de «protection». Des terres leur étaient réservées et les «réserves» et les «missions» étaient dirigées par des fonctionnaires britanniques ou des organismes religieux. Le système des missions et des réserves est devenu plus rigide au début du XXe siècle, les lois sur la protection des aborigènes limitant strictement les déplacements au-delà des réserves.
Au début du XXe siècle, les familles autochtones étaient de plus en plus soumises à des politiques de retrait d'enfants. Cela était motivé par l'inquiétude concernant les relations sexuelles interraciales et les enfants dits «métis», que le gouvernement cherchait à assimiler. De nombreux historiens aborigènes et non aborigènes considèrent que la pratique étatique du déplacement des enfants était un génocide, tel que défini par la Convention des Nations Unies. Il y a une longue histoire de protestations autochtones contre ce retrait, la limitation des déplacements, l'exploitation des conditions de travail et l'exclusion active des peuples autochtones du corps civique. Les peuples autochtones associent toujours cette protestation à la dépossession initiale des terres. La résistance va des pétitions officielles (adressées au roi George V [1865–1936] en 1934, par exemple), aux mères cachant leurs enfants aux agents de bien-être, aux grèves du travail réussies dans les bovins, ainsi qu'aux campagnes de longue date pour la restauration des terres. et la reconnaissance du titre natif. Une grande campagne en 1967 a réussi à changer la constitution australienne par référendum, transférant le pouvoir sur les affaires autochtones des gouvernements des États au gouvernement fédéral. Plus de droits civiques ont progressivement suivi. Actuellement, les aborigènes et les insulaires du détroit de Torres font face à de nombreux problèmes sociaux, politiques et de santé qui sont un héritage direct du passé colonial. Le sens de cette histoire constitue un aspect majeur du débat politique et culturel en Australie.