Croisade des enfants. Avec l'embarras de la quatrième croisade (1198-1202), toute la ferveur de croisade restante semble avoir quitté les guerriers européens. Il y a eu quelques croisades du XIIIe siècle, mais ce sont aussi presque toujours des embarras, comme dans le cas de la croisade des enfants de 1212 où un grand nombre d'adolescents pensaient pouvoir simplement vaincre les musulmans avec leur foi enfantine. (Il a été sagement arrêté par le Pape et ses dirigeants ont été mis à mort, bien que certains des enfants se soient rendus en Égypte, où ils ont été vendus en esclavage.) Cela ne veut pas dire, cependant, que ceux qui se sont efforcés de participer à la Terre Sainte au cours de ce siècle n'étaient pas sérieux dans leurs efforts, comme les croisés qui sont allés avec André II, le roi de Hongrie, et Léopold VI, le duc d'Autriche, en 1217-1219, ou avec l'empereur Frédéric II en 1227 ou 1228, ou avec Louis IX en 1248-1250 et 1254, mais ces croisades étaient presque toujours mal planifiées et encore plus mal exécutées. Il y a eu quelques victoires, comme la prise de la ville égyptienne de Damiette
etta par Léopold VI en 1219 et sa reprise par Louis IX en 1248 (entre ces deux conquêtes, elle avait été reprise par les Égyptiens en 1221) ou la reprise de Jérusalem par Frédéric II en 1228 (elle fut de nouveau perdue en 1244), mais même ceux-ci ne pouvaient pas contrebalancer le grand nombre de défaites subies par ces croisés. En effet, à une occasion, en 1250, le roi Louis IX et toute son armée ont été faits prisonniers par les Égyptiens, ce qui a nécessité le paiement d'une énorme rançon pour leur liberté.
La disparition des États croisés. Même l'attaque des Mongols contre les musulmans en Terre Sainte au milieu du siècle n'a pas permis aux chrétiens de profiter de la situation. (Les Mongols ont conquis toute la Turquie, la Perse et la Syrie, détruisant Alep, Damas et Bagdad, mais se sont retirés de la Terre Sainte à cause de la mort de Ghengis Khan en 1227 avant de rencontrer l'une des possessions croisées.) À la fin du treizième siècle, les royaumes croisés restants ont commencé à tomber: en 1265, Césarée, Haïfa et Arsuf ont été prises; en 1268, Antioche tomba; en 1289, Tripoli fut capturée; et, finalement, en 1291, le dernier vestige des royaumes croisés disparut quand Acre tomba aux mains des Egyptiens.
Croisades des Albigeois et du Nord. Au cours du XIIIe siècle, un changement de priorités s'est produit lorsque les croisades ont commencé à être appelées non pas en Terre Sainte mais dans des lieux d'Europe. Deux d'entre eux sont les plus célèbres, le premier une croisade réussie contre les Albigeois, une secte chrétienne hérétique vivant dans le sud de la France, qui a eu lieu entre 1209 et 1229, et le second contre le peuple de Prusse et de Livonie, dont les habitants avaient n'a jamais accepté le christianisme. Pour combattre cette dernière croisade, les chevaliers teutoniques ont déplacé leur accent de la Terre Sainte vers le nord-est de l'Europe. Commencée en 1226, cette croisade du Nord ne s'est jamais vraiment terminée avant la Réforme et le nationalisme allemand du début du XVIe siècle a réduit à presque rien le rôle politique de cet ordre militaire monastique.
Devoir royal. Il y aurait des appels continus pour des croisades dans les Terres saintes bien au début de l'ère moderne. Il devenait presque le devoir de chaque roi de la fin du Moyen Âge d'accepter de participer à un, seulement pour rompre facilement et rapidement la promesse. De plus, au milieu du XIVe siècle, un nouvel ennemi islamique, bien plus violent, apparaîtrait au Moyen-Orient: les Turcs ottomans. Leur présence en Méditerranée orientale a rapidement modifié l'équilibre des pouvoirs là-bas et dans toute l'Europe du sud-est. Même avant la fin du XIVe siècle, ils avaient occupé non seulement la Terre Sainte et l'Asie Mineure, mais avaient également vaincu fermement une importante force anglo-franco-bourguignonne-hongroise à la bataille de Nicopolis en 1396.