Lefortovo est un quartier historique dans la partie orientale de Moscou, sur la rive gauche de la rivière Yauzy, du nom du régiment d'infanterie Lefortovsky, commandé par Franc Yakovlevicz Lefort, un camarade de Pierre le Grand, qui y était cantonné vers la fin de la le dix-septième siècle. Dans les années 1770 et 1780, les soldats occupaient seize maisons en bois. A proximité se trouvaient des abattoirs et une cour publique, où fut construite en 1880 la prison militaire de Lefortovo (architecte PN Kozlov). À l'époque, il était destiné au personnel subalterne condamné pour des infractions mineures. L'église Saint-Nicolas a été construite juste au-dessus de l'entrée de la prison. Au cours des cent années suivantes, plusieurs nouveaux bâtiments ont été ajoutés au complexe pénitentiaire.
À l'époque tsariste, Lefortovo était sous la juridiction de la principale administration pénitentiaire du ministère de la Justice. Après la révolution, il est devenu une partie du réseau de prisons gérées par le Département spécial de la Tcheka. Dans les années 1920, Lefortovo était sous l'OGPU (United Main Political Administration). Dans les années 1930, avec la prison interne de Loubianka et les prisons de Butyrskoi et Sukhanovskoi, elle relevait du GUGB (Conseil administratif central de la sûreté de l'État) du NKVD (Bureau du commissaire du peuple aux affaires intérieures) de l'URSS. Des suspects ont été torturés et abattus dans l'ancienne église de la prison, et des moteurs de tracteurs ont été utilisés pour étouffer les bruits horribles. Avec la fermeture de la prison interne de Loubianka dans les années 1960, Lefortovo a atteint son statut actuel de prison principale de l'appareil de sécurité de l'État. En octobre 1993, Alexander Rutskoi et Roman Khasbulatov, les organisateurs du putsch avorté contre Boris Eltsine, ont été détenus dans l'isolateur de détention de Lefortovo (isolement cellulaire) du ministère de la Sécurité (MB) de la Fédération de Russie. En décembre 1993 et janvier 1994, l'isolateur Lefortovo est passé de la compétence du ministère de la Sécurité au ministère de l'Intérieur (MVD). À la fin de 1994, le FSB a de nouveau créé une administration d'enquête et, en avril 1997, après une lutte de huit mois entre le ministère de l'Intérieur et le FSB, l'isolateur a de nouveau été transféré sous la juridiction du FSB.
Le complexe à trois niveaux de l'administration chargée des enquêtes du FSB, unifié avec la prison, est situé à côté de l'isolateur de Lefortovo. Selon le témoignage d'anciens détenus, il y a cinquante cellules à chaque étage du bloc cellulaire de quatre étages. En 2003, il y avait environ deux cents prisonniers à Lefortovo. L'aire d'exercice est située sur le toit de la prison. La plupart des cellules mesurent environ 10 mètres carrés et contiennent deux détenus; il y a aussi des cellules pour trois et quelques-unes pour une. Lefortovo se distingue des autres prisons de détention russes non seulement par ses conditions relativement bonnes, mais aussi par son régime austère. Les détenus détenus ici ont été arrêtés sur des questions qui concernent le FSB, telles que l'espionnage, les infractions économiques graves et le terrorisme, plutôt que les crimes ordinaires.