En 1796, Harpers Ferry, Virginie (la ville est maintenant en Virginie occidentale) devint le site du deuxième des deux arsenaux choisis par le président George Washington (1732–1799); le premier a été établi en 1794 à Springfield, Massachusetts. La ville de Virginie, située dans les Blue Ridge Mountains, au confluent des rivières Potomac et Shenandoah, était considérée comme un endroit sûr et central pour les magasins militaires. Harpers Ferry s'est développé comme un centre de fabrication de fusils, mais la production est restée insuffisante. En 1798, le Congrès a adopté une loi attribuant des fonds pour acheter des armes à des armureries privées. Dans les années 1820, selon Magazine américain Machinist ("An Industry Evolves", août 1996), des fabricants privés tels que Remington et Colt's Patent Fire Arms Manufacturing, "ont réussi à développer, à travers une série d'étapes douloureuses, une combinaison efficace de machines et de jauges pour assurer une véritable interchangeabilité des pièces" pour permettent une production de masse efficace. Une étape importante du processus de développement a eu lieu à l'armurerie Harpers Ferry entre 1819 et 1826: John Hall, qui avait créé une usine de carabines indépendante au sein de l'arsenal, a développé des fraiseuses qui produisaient des pièces vraiment interchangeables. Cette technologie combinée au système d'usine pour créer le système américain de fabrication, qui s'est rapidement étendu de la Virginie à la Nouvelle-Angleterre (via Springfield), puis en Europe, donnant à Harpers Ferry la réputation d'être le berceau du système.
Le Harpers Ferry Arsenal est devenu un point stratégique pour les deux parties pendant la guerre civile américaine (1861–1865), changeant de mains plusieurs fois avant la fin du conflit. Mais la ville est également connue pour le raid qui y a eu lieu un peu plus d'un an avant que les combats n'éclatent entre les forces de l'Union et les forces confédérées.
À l'automne 1859, l'abolitionniste américain John Brown (1800–1859) dirigea un groupe de vingt et un hommes, noirs et blancs, sur un raid de l'armurerie du gouvernement à Harpers Ferry, en Virginie. Brown croyait que l'action inspirerait une insurrection générale des esclaves du Sud.
Le 16 octobre 1859, le groupe prend le contrôle du village et s'empare de l'arsenal américain. Dix des partisans de Brown, dont deux de ses fils, furent tués ou blessés et le 18 octobre, la bande se rendit aux troupes fédérales sous le commandement du colonel Robert E. Lee (1807–1870). Brown a été jugé pour trahison et condamné. Il est pendu le 2 décembre 1859, martyr de la cause. Le raid sur Harpers Ferry a intensifié les tensions entre le Sud pro-esclavagiste et le Nord libre, qui ne seraient résolues que par de nouvelles effusions de sang.