La Massachusetts Bay Company a été créée en 1628 en tant que coentreprise pour le commerce du poisson et des fourrures de la Nouvelle-Angleterre. Mais dès le début, un certain nombre de ses dirigeants, notamment John Winthrop (1588–1649), voulaient l'utiliser comme un véhicule pour promouvoir un Commonwealth religieux puritain. Les puritains étaient mécontents des progrès de la réforme dans l'Église d'Angleterre et étaient également alarmés par le déclenchement de la contre-réforme en Europe, pour rétablir la suprématie de l'Église catholique romaine. Leur dernier espoir de réforme était apparemment perdu lorsque le roi Charles I (1600–1649) dissolvait le Parlement et entamait une période de régime absolutiste. En conséquence, Winthrop et ses collègues puritains rachètent leurs collègues les plus commerciaux en août 1629 et embarquent pour l'Amérique en mars 1630, emportant la charte avec eux. Mais avant de partir, la société a tenu une dernière réunion au cours de laquelle Winthrop a été élu gouverneur avec un conseil de dix-huit assistants partageant les mêmes idées. La transformation de la société en une communauté religieuse a été renforcée à son arrivée dans le Massachusetts, où le tribunal général de la société, comprenant le gouverneur, le conseil et les hommes libres, a adopté une résolution déclarant que par la suite seuls les membres à part entière de l'église pouvaient participer aux affaires de la colonie. .
Pendant les dix-huit mois suivants, Winthrop et les assistants dirigèrent la colonie presque comme une théocratie. Ils ont accordé des terres aux «élus», comme les membres de l'église étaient connus, leur permettant d'établir des communautés sous contrat basées sur le principe de la congrégation. Ils ont également publié des lois et des ordonnances concernant la vie quotidienne, en utilisant la Bible comme guide. Tout cela contrevenait à la charte, qui stipulait que les lois de la société devaient être conformes à celles de l'Angleterre. La charte prévoyait également que des réunions trimestrielles du Tribunal devaient avoir lieu et que le gouverneur et le conseil devaient être élus annuellement par les hommes libres de la société. Bien que la majorité de la population veuille vivre en bons puritains, ils chérissent toujours leurs droits en tant qu'Anglais. Ainsi, il ne fallut pas longtemps avant que l'autorité de Winthrop et du conseil soit contestée, d'abord sur la question de la fiscalité en 1632, puis sur la gouvernance générale de la colonie en 1634. L'exigence de voir la charte était essentielle à la résolution de cette controverse. , que Winthrop avait sous sa garde. L'inspection de cela a confirmé que le Tribunal avait le droit exclusif de lever des impôts, de légiférer et de tenir des élections. En conséquence, Winthrop perdit son poste de gouverneur, bien qu'il conserva sa place au conseil et revint dûment lors de la controverse antinomienne en 1636 lorsque Anne Hutchinson (1591–1643) contesta les qualifications requises pour être membre des élus. Néanmoins, le principe des élections annuelles a été établi, même si la participation est encore limitée aux élus. Étant donné que la plupart des membres de l'église vivaient maintenant en dehors de Boston, ils ont choisi d'envoyer des représentants au lieu d'assister à la Cour générale en personne. Un autre changement a été la décision des représentants en 1644 de siéger en tant que chambre séparée, brisant finalement la domination du gouverneur et du conseil. Le Massachusetts avait maintenant l'étoffe d'une constitution et d'un système de gouvernement représentatif, tous basés ironiquement sur sa charte royale en tant que société par actions.
Pendant ce temps, les activités de la Massachusetts Bay Company ne sont pas passées inaperçues en Angleterre, où des appels ont été lancés pour une enquête sur ses activités laïques et spirituelles. Plusieurs autres partis avaient des revendications sur la région, tandis que l'église anglicane de l'archevêque William Laud (1573–1645) était alarmée par la nature dissidente de la colonie. Une procédure a donc été engagée par le roi Charles Ier pour annuler la charte de la société. Heureusement pour les puritains, le roi découvrit bientôt qu'il avait d'autres défis plus pressants chez lui et devait rappeler le Parlement. Le déclenchement de la guerre civile anglaise en 1641 protégea davantage la Massachusetts Bay Company, en particulier lorsque Oliver Cromwell (1599–1658) et les indépendants puritains en sortirent victorieux. Le Massachusetts avait maintenant un gouvernement ami en Angleterre qui protégerait sa politique religieuse et civile. Les années 1650 ont été une période dorée pour le Massachusetts en tant que Commonwealth autonome et autonome.
La restauration de Charles II (1630–1685) sur le trône en 1660 fut donc un coup dur pour les habitants de Massachusetts Bay. Cependant, les puritains de deuxième génération ont suivi l'exemple de leurs prédécesseurs en essayant de tenir les autorités anglaises à distance. La colonie refusa en conséquence la demande de Charles II de nommer un gouverneur. Ils ont également soutenu la fiction selon laquelle leur charte n'exigeait qu'une allégeance symbolique à la couronne et qu'elle donnait au Tribunal une autorité parallèle à celle du Parlement. Par conséquent, lorsque la Couronne a exigé le respect des lois de la Loi sur la navigation de 1660, 1663 et 1673 pour contrôler le commerce colonial au profit de la mère patrie, le Massachusetts a simplement adopté une mesure en double. De toute évidence, cette situation ne pouvait pas continuer et, en 1684, la Couronne entama une nouvelle fois une procédure pour annuler la charte de la société. Cela a été effectué en 1685. À l'avenir, le Massachusetts devait être gouverné par un gouverneur royal, Sir Edmund Andros (1637–1714), avec un conseil de nomination et aucune assemblée représentative. La décision de subsumer la colonie dans une nouvelle entité appelée le Dominion de la Nouvelle-Angleterre était tout aussi pénible pour les puritains. Heureusement pour le Massachusetts, les tentatives du roi James II (1633-1701) d'établir une monarchie absolue des deux côtés de l'Atlantique ont été annulées par les événements de la Glorieuse Révolution en 1689, qui a conduit à l'accession de William III et de la reine Mary au trône anglais. . Néanmoins, il ne devait pas y avoir de retour à l'ancienne charte de la société de 1629. En vertu de la nouvelle charte de 1691, la couronne nommerait le gouverneur. Cependant, le lobbying habile d'Augmentation Mather (1639–1723), le ministre divin le plus influent de la province, a permis au Massachusetts de retrouver une grande partie de ce dont il avait bénéficié auparavant. Non seulement les propriétaires libres éliraient une assemblée, mais leurs représentants nommeraient à leur tour le conseil du gouverneur, reflétant l'ancienne charte de l'entreprise selon laquelle les hommes libres élisaient le conseil des assistants. C'est ce système de gouvernement qui a servi le peuple du Massachusetts jusqu'au début de la guerre d'indépendance américaine en 1775.