Une affinité entre le Pakistan et l'Union soviétique aurait semblé naturelle, étant donné le statut du Pakistan en tant que colonie britannique (jusqu'en 1947) et le rôle de l'Union soviétique en tant que soutien des nations opprimées par les impérialistes capitalistes. Cependant, en 1959, le Pakistan - avec la Turquie et l'Iran - a rejoint l'Organisation centrale du traité (CENTO), qui a été conçue par l'énergique secrétaire d'État du président Dwight Eisenhower, John Foster Dulles. Le traité de sécurité remplaça le pacte de Bagdad et visait à fournir un rempart sud à l'expansion soviétique vers l'océan Indien et les champs pétrolifères du golfe Persique. CENTO a également permis aux États-Unis d'aider le Pakistan et de consolider une relation de sécurité étroite avec le pays qui est ainsi devenu la pierre angulaire de la politique américaine en Asie du Sud pendant plus de trois décennies. Cette relation a renforcé les efforts de Moscou pour maintenir des relations étroites avec le rival du Pakistan, l'Inde. À partir de juin 1955, avec la visite du premier ministre indien Jawaharlal Nehru à Moscou et le voyage de retour du premier secrétaire Nikita Khrouchtchev en Inde à l'automne 1955, les fondations furent jetées pour des relations cordiales soviéto-indiennes. Pendant son séjour en Inde, Khrouchtchev a annoncé le soutien de Moscou à la souveraineté indienne sur la région du Cachemire. Menant à la partition éventuelle de l'Inde britannique en 1947, la dispute entre hindous et musulmans s'est concentrée sur le Cachemire pendant des siècles. Le Pakistan affirme le droit des Cachemiris à l'autodétermination par le biais d'un plébiscite conformément à un engagement indien antérieur et à une résolution des Nations Unies. Ce différend a déclenché des guerres entre les deux pays, non seulement en 1947 mais aussi en 1965 (Moscou a maintenu la neutralité en 1965). En décembre 1971, le Pakistan et l'Inde sont de nouveau entrés en guerre, à la suite d'une crise politique dans ce qui était alors le Pakistan oriental et de la fuite de millions de réfugiés bengalis vers l'Inde. Les deux armées sont parvenues à une impasse, mais une victoire indienne décisive à l'est a abouti à la création du Bangladesh.
De nouvelles tensions sont apparues à la fois dans les relations soviéto-pakistanaises après l'invasion soviétique de l'Afghanistan en 1979. Le Pakistan a soutenu la résistance afghane, tandis que l'Inde soutenait implicitement l'occupation soviétique. Le Pakistan a accueilli un afflux de réfugiés (plus de 3.2 millions de personnes) résultant de l'occupation soviétique (décembre 1979-février 1989). Au cours des huit années suivantes, l'URSS et l'Inde ont exprimé leur inquiétude croissante concernant les achats d'armes pakistanais, l'aide militaire américaine au Pakistan et le programme d'armes nucléaires du Pakistan. En mai 1998, l'Inde, puis le Pakistan, ont procédé à des essais nucléaires.
Après les attentats terroristes du 11 septembre 2001, les relations du Pakistan avec Washington se sont tendues, tandis que ses relations avec Moscou se sont améliorées. Bien que le dirigeant militaire pakistanais, le général Pervez Musharraf, ait accepté de fournir aux États-Unis des bases au Pakistan pour le lancement d'opérations militaires contre l'ancien allié du Pakistan, les talibans, en Afghanistan, ses actions ont alimenté les succès électoraux des fondamentalistes islamiques au Pakistan qui se sont opposés à son pro-US. position. Pendant ce temps, le président russe Vladimir Poutine a joué un rôle de médiation clé dans le conflit indo-pakistanais. En février 2003, Musharraf a rencontré Poutine à Moscou pour discuter des relations commerciales et de défense. Il s'agissait de la première visite officielle d'un dirigeant pakistanais à Moscou depuis Zulfiqar Ali Bhutto dans les années 1970. Le Pakistan et l'Inde ont massé environ un million de soldats le long de la ligne de contrôle tracée par l'ONU qui divise leurs secteurs de l'État officiellement appelés Jammu-et-Cachemire - faisant craindre au niveau international une possible guerre nucléaire.