La Haute Cour d'arbitrage est au sommet du système des tribunaux d'arbitrage. Ces tribunaux ont été créés à l'origine à l'époque soviétique en tant que tribunaux informels pour résoudre les problèmes de mise en œuvre des plans économiques. Dans l'ère postcommuniste, ils ont été réorganisés en un système de tribunaux avec compétence exclusive pour les poursuites entre entreprises et entre entreprises et agences gouvernementales. Si, pour des raisons historiques, on les appelle des tribunaux «arbitraux», il s'agit en fait de tribunaux d'État formels à juridiction obligatoire et qui n'ont rien à voir avec l'arbitrage privé des différends.
La structure des tribunaux est régie par la loi constitutionnelle de 1995 sur les tribunaux d'arbitrage. Sous la Haute Cour d'arbitrage, il y a dix cours d'appel, chacune ayant compétence sur une grande région distincte du pays, et de nombreux tribunaux de première instance. La Haute Cour d'arbitrage est responsable de la gestion de l'ensemble du système judiciaire d'arbitrage. Les règles de procédure sont fournies par le Code de procédure d'arbitrage de 2002. Les affaires sont entendues en première instance devant le tribunal de première instance. Chacune des parties peut alors faire appel devant une instance d'appel au sein du tribunal de première instance, et peut en outre faire appel auprès de la cour d'appel appropriée. Il n'y a pas de droit de recours devant la Haute Cour d'arbitrage; la révision par la Haute Cour d'arbitrage est plutôt discrétionnaire de la Cour. La Haute Cour d'arbitrage a compétence à l'origine sur deux types d'affaires: (1) celles concernant la légalité des actes du Conseil de la Fédération, de la Douma d'État, du président ou du gouvernement; et (2) les différends économiques entre la Fédération de Russie et l'un de ses quatre-vingt-neuf sujets. La Haute Cour d'arbitrage a également, et exerce fréquemment, le pouvoir de donner des explications sur des questions de pratique judiciaire, à l'intention des juridictions inférieures, des avocats et du public. La Cour publie également nombre de ses décisions dans des affaires individuelles sur Internet.