Début juin 1848, une assemblée d'intellectuels libéraux issus des différentes nationalités slaves de l'Europe centrale et orientale se réunit à Prague pour discuter des droits civils et de la réforme constitutionnelle libérale de la monarchie des Habsbourg. Près de quatre cents personnes y ont participé et elles ont été organisées en trois sections régionales: (1) Tchèques et Slovaques, (2) Polonais et Ukrainiens, et (3) Slaves du Sud. Les Russes qui ont participé ont siégé avec la section polono-ukrainienne.
Au début du printemps 1848, les intellectuels slaves d'Europe centrale se sont inquiétés des efforts libéraux allemands pour créer une grande Allemagne unie et des mesures des nationalistes libéraux magyars pour établir l'autonomie dirigée par les magyars pour la Hongrie. S'exprimant au nom des nationalistes tchèques, l'historien František Palacký a rejeté l'invitation des libéraux allemands à participer au parlement de Francfort, et a plutôt appelé à une réforme de la monarchie des Habsbourg pour gagner les droits civils et un gouvernement représentatif pour ses peuples slaves. D'autres intellectuels slaves libéraux de la monarchie ont adopté cette politique «austro-slave». Écrivant dans le journal croate de Ljudevit Gaj, Journaux Dalmatinsko-Hervatsko-Slavonske (Les nouvelles dalmates-croates-slaves), Ivan Kukuljević-Sakcinski a lancé un appel le 20 avril pour une coopération politique plus large entre les Slaves et une réunion de leurs représentants pour planifier les réformes libérales et contrer les initiatives nationalistes expansives des libéraux allemands et magyars. Il a proposé qu'un tel conclave ait lieu à Prague et inclue des représentants des empires des Habsbourg, ottoman et tsariste. Dans le même temps, les libéraux tchèques et slovaques ont entamé des discussions sur une idée similaire. Le 30 avril, un comité préparatoire pour un congrès slave s'était formé à Prague, et il approuva l'annonce d'un tel congrès qui se réunira le 30 mai.
Dès le départ, Palacký a exercé une forte influence sur le comité préparatoire, et il est devenu la figure de proue du congrès. Le comité préparatoire s'est engagé à promouvoir les intérêts slaves par la réforme de la monarchie des Habsbourg et à défendre son intégrité territoriale contre les ambitions potentielles allemandes ou russes. Les organisateurs ont dirigé l'appel à participer principalement aux représentants des nationalités slaves au sein de la monarchie, mais les porte-parole d'autres groupes slaves en dehors du royaume des Habsbourg étaient les bienvenus en tant qu'invités. L'engagement du comité à préserver la monarchie des Habsbourg exigeait que des limites soient placées sur les discussions sur les aspirations nationalistes polonaises. Les organisateurs ont tenté de rassurer les autorités des Habsbourg sur leur loyauté et leur désir de préserver la monarchie, mais les ministres du nouveau cabinet libéral autrichien, les libéraux allemands en Autriche et en Allemagne et les autorités militaires des Habsbourg étaient méfiants ou ouvertement hostiles à ce qu'ils craignaient d'être un Pan -Slav complot pour changer la carte de l'Europe centrale.
Au total, 340 délégués sont venus à Prague pour le congrès à la fin du mois de mai: 61 dans la section polono-ukrainienne, 42 dans la section sud-slave et 237 dans la section tchèque-slovaque. Quarante-cinq invités et observateurs supplémentaires y ont également participé (Orton, 1978, p. 63). Les participants se sont réunis pour des discussions en séances plénières et en tables rondes libres divisées en trois sections régionales. Le congrès s'est réuni le 2 juin et Palacký, en tant que président, a prononcé le discours d'ouverture, appelant à la poursuite de l'égalité et de la justice pour les peuples slaves et exprimant son respect pour l'empereur des Habsbourg. Les débats formels se sont déroulés dans les différentes langues slaves des participants, bien que les journalistes allemands aient rapidement répandu l'affirmation selon laquelle l'allemand devait être utilisé en raison de la multiplicité des langues représentées.
Du "manifeste aux nations européennes"
[Le Slave] n'exige ni conquête ni domination, mais il demande la liberté pour lui-même et pour tous les autres: il exige que la liberté soit reconnue inconditionnellement comme le droit le plus sacré que l'homme possède. Par conséquent, nous, Slaves, rejetons et détenons en horreur toute domination basée sur la force principale et l'évasion de la loi; nous rejetons tous les privilèges et prérogatives ainsi que toute différenciation politique des classes; nous exigeons une égalité inconditionnelle devant la loi, une égale mesure de droits et de devoirs pour tous….
… [L] 'Allemand menace de violence de nombreux peuples slaves s'il n'accepte pas d'aider à la construction de la grandeur politique de l'Allemagne, et ainsi le Magyar n'a pas honte de s'arroger des droits nationaux exclusifs en Hongrie. Nous, Slaves, décrions sans réserve toutes ces prétentions, et nous les rejetons d'autant plus qu'elles sont à tort déguisées sous le couvert de la liberté.
Source: traduction anglaise de William Beardmore, en Revue slave et est-européenne 26, non. 67 (1948): 309 – 313.
Le congrès a été interrompu par les violents combats de rue qui ont éclaté à Prague entre les troupes impériales des Habsbourg et les étudiants et travailleurs tchèques le lundi 12 juin. À ce stade, un seul document majeur avait été approuvé, "Le Manifeste aux Nations de l'Europe". Certains des participants les plus radicaux au congrès, comme le Polonais Karol Libelt et le Russe Mikhail Bakunin, ont préconisé des changements démocratiques de grande portée en Europe centrale et orientale dans le cadre d'une large alliance slave; mais le congrès a suivi la voie libérale modérée tracée par les dirigeants tchèques. Le manifeste appelait à la reconnaissance de la liberté individuelle, de la liberté d'expression et d'action politique, et au développement des nations et des intérêts nationaux en tant que droits fondamentaux. Il a rejeté le gouvernement autoritaire et la domination nationale allemande et magyare des nationalités slaves; l'État impérial des Habsbourg doit être transformé fondamentalement en une confédération de nations égales basée sur la liberté et des politiques éclairées. Le manifeste a également condamné la partition de la Pologne et a appelé à un congrès européen général des nations pour aborder toutes les questions internationales en suspens. Le 13 juin 1848, les autorités militaires des Habsbourg commencèrent à expulser les délégués du congrès de Prague, et aucun nouveau congrès slave ne fut tenté à nouveau avant la réunion de 1867 à Moscou.