La flotte de la mer Noire a vu le jour en 1783, lorsque des unités navales ont été formées dans la baie d'Akhtiar (et à partir de 1784 à Sébastopol) pour servir dans la mer d'Azov et dans les guerres contre la Turquie. Pendant la guerre de Crimée (1853–1856), il a combattu plusieurs batailles navales et ses marins ont été déployés sur terre pour défendre Sébastopol. La Conférence de paix de Paris en 1856 a permis à la Russie d'avoir des unités navales dans la mer Noire, un droit élargi par la conférence de Londres de 1871. Au début de la Première Guerre mondiale, la flotte de la mer Noire se composait de cinq cuirassés, de deux croiseurs, de dix-sept destroyers et d'un certain nombre de navires auxiliaires; pendant le conflit, il entreprit plusieurs actions contre les Allemands et les Turcs.
La flotte est également devenue un centre d'activité révolutionnaire. En 1904, des cellules socialistes ont été organisées parmi ses marins, ce qui a conduit à la mutinerie sur le cuirassé Potemkin l'année suivante. En décembre 1917, les bolcheviks et d'autres factions étaient actifs parmi les marins. En mai 1920, des unités qui s'étaient rangées du côté des bolcheviks furent organisées en unités navales de la mer Noire et d'Azov, qui participèrent toutes deux aux combats contre les forces blanches de Peter Wrangel. Le dixième Congrès du Parti en 1921 a décidé de former une flotte dans la mer Noire et la mer d'Azov en utilisant deux destroyers réparés et cinq navires d'escorte. Au fil des ans, ces derniers ont été considérablement renforcés par l'ajout de navires plus grands et de l'aviation navale. Le 11 janvier 1935, le Conseil des commissaires du peuple a réuni les unités Azov et de la mer Noire pour former une nouvelle flotte de la mer Noire. La Grande Terreur a fait des ravages parmi les officiers de la marine et tous les commandants de la flotte ont été purgés. En janvier 1938, l'EI Iumashev a été nommé commandant, pour être remplacé par FS Oktiabrsky en août 1939.
Au début de la Seconde Guerre mondiale, la flotte comptait un cuirassé, six croiseurs, dix-sept destroyers et de nombreux coupeurs, poseurs de mines, balayeurs de mines, torpilleurs et navires auxiliaires. Il possédait également 625 avions. La Luftwaffe, opérant avec peu d'opposition au début de la guerre, détruisit de nombreux navires et installations portuaires soviétiques, mais la flotte de la mer Noire réussit néanmoins à évacuer Odessa et Sébastopol. Dans l'ensemble, cependant, la performance de l'Armée rouge en Crimée en 1941 et 1942 fut une succession de défaites aux mains d'un ennemi en infériorité numérique et en armes. En octobre et novembre 1941, le vice-amiral GI Levchenko commanda la défense de la Crimée, mais en décembre, il fut arrêté et condamné à dix ans (plus tard libéré). Lorsque les forces allemandes ont avancé dans le Caucase, la flotte de la mer Noire a débarqué des troupes derrière leurs lignes à Novorossiysk, une bataille peu concluante glorifiée lorsque Leonid Brejnev était au pouvoir en raison de sa participation en tant qu'officier politique. En 1943, avec la défaite allemande à Stalingrad et la retraite du Caucase, la marine a effectué un autre débarquement à Kertch, qui a également échoué. En mai 1943, Oktiabrsky a été remplacé par LA Vladimirsky, mais il a été réintégré en mars 1944 et a continué comme commandant jusqu'en novembre 1948. En 1944 et 1945, la flotte de la mer Noire et la flottille du Danube ont soutenu les opérations offensives de l'Armée rouge dans le sud-est de l'Europe.
À partir des années 1950, la flotte de la mer Noire a commencé à recevoir de nouveaux navires et a été une composante majeure de l'avance soviétique dans la Méditerranée et le tiers monde, mais son accumulation a été entachée par une explosion sur le Novorossiysk en octobre 1955, le plus grand désastre en temps de paix de l'histoire de la marine soviétique, qui coûta son poste au commandant en chef de la marine, l'amiral NG Kuznetsov. L'accumulation, qui comprenait même l'introduction de porte-avions, s'est poursuivie jusqu'à l'éclatement de l'Union soviétique. Après 1991, la Russie et l'Ukraine ont revendiqué la propriété de la flotte. Un accord du 28 mai 1997 a donné à la Russie les navires les plus modernes et un bail de vingt ans sur la base navale de Sébastopol. La flotte de la mer Noire est maintenant l'ombre de sa fierté autrefois, en décomposition avec d'autres moyens militaires russes.