Explorations par terre. Des rumeurs persistantes de riches filons d'argent au nord du Mexique ont déclenché l'exploration espagnole de l'Ouest américain. En 1539, Fray Marcos de Niza entreprit de fouiller la région, et il entendit des histoires sur sept villes d'or et d'argent, nommées Cíbola. Entre 1540 et 1542, Francisco Vásquez de Coronado a suivi l'effort de Niza, et ses hommes ont voyagé dans tout l'Ouest à la recherche des villes insaisissables et du trésor qu'elles étaient réputées contenir. Pendant ce temps, Coronado a également entendu parler d'une autre ville magique, Quivira, qui se trouvait à l'est, alors il a erré dans le Kansas et l'Arkansas actuels, où il a trouvé plusieurs villages d'Indiens semi-sédentaires mais pas d'or et d'argent. L'expédition Coronado était basée parmi les Indiens Pueblo, et les relations entre les deux groupes étaient initialement pacifiques, mais les demandes exorbitantes de nourriture et de terres des Espagnols ont tourné la population locale contre eux. Le manque d'or et d'argent des Pueblos, cependant, les a peut-être sauvés de nouvelles déprédations parce que Coronado s'est retiré au Mexique et a signalé à ses supérieurs que la région ne possédait pas assez de richesse pour justifier sa colonisation. Pour les missionnaires à la recherche d'âmes plutôt que de minerais, cependant, l'Occident restait une destination attrayante. Au début des années 1580, deux frères franciscains, Agustín Rodríguez et Antonio Espejo, visitèrent le pays de Pueblo pour jeter les bases des efforts missionnaires ultérieurs. Les rapports favorables
ils ont circulé à leur retour au Mexique a ravivé l'intérêt officiel pour la colonisation du sud-ouest.
Explorations par mer. En 1542, lorsque Hernando de Soto mourut et que Coronado retourna au Mexique, Juan Rodriguez Cabrillo remonta la côte californienne, dressa les premières cartes de ce que les Espagnols appelaient Alta California et aurait pu entrer en contact avec les Indiens archaïques Chumash vivant dans la région. Pendant les cinquante années suivantes, cependant, personne n'a donné suite aux découvertes de Cabrillo. Ce n'est qu'en 1578, lorsque le pirate anglais Sir Francis Drake a touché le sol au trente-huitième parallèle près de l'actuel San Francisco et a réclamé la Californie pour son souverain, la reine Elizabeth I, que les Espagnols ont redoublé d'efforts pour revendiquer la côte Pacifique. . Au cours des années suivantes, une série d'expéditions a porté le drapeau du Lion et du Château d'Espagne de plus en plus au nord sur la côte, se terminant par le débarquement de Juan de Fuca parmi les Nootkas de l'île de Vancouver. Les cartes réalisées par les navigateurs étaient importantes, mais leurs efforts n'ont pas réussi à lancer la colonisation de l'Alta California.
Colonisation du sud-ouest. En raison des rapports élogieux diffusés par les prêtres franciscains, en 1595, Juan de Oñate demanda et reçut la permission du roi Philippe II de coloniser les Pueblos que Coronado avait visités. En 1598, lui et son groupe de 129 soldats et leurs femmes et enfants atteignirent les Pueblos, qui avaient développé un ressentiment envers les Espagnols après leurs expériences avec Coronado. Les relations entre les Espagnols et les Indiens étaient tendues, et parce que les Espagnols étaient mal équipés pour produire suffisamment de nourriture pour eux-mêmes, ils se sont imposés à la population locale comme l'avaient fait les hommes de Coronado. Les Pueblos, cependant, ont à peine réussi à stocker suffisamment de maïs excédentaire pour survivre aux famines qui étaient courantes dans le sud-ouest aride. Oñate et ses soldats ont gouverné d'une main de fer, et les révoltes, la famine et la méfiance sont venus caractériser la vie au début de San Juan de Yunque.
Conflit. Au cours de la première année de colonisation, les Acoma pueblo se sont révoltés et ont tué plusieurs soldats espagnols. En représailles, Oñate a dépêché un petit groupe de soldats qui ont fait leur chemin au sommet de la mesa et à Acoma. En trois jours, ils ont détruit le pueblo et exécuté près de huit cents hommes, femmes et enfants. Ils ont également capturé près de six cents personnes qui ont été jugées et reconnues coupables de meurtre. Oñate a condamné tous les captifs âgés de douze à vingt-cinq à vingt-cinq ans de servitude et il a ordonné à ses soldats de couper un pied de chaque homme âgé de plus de vingt-cinq ans. La tactique brutale a temporairement réprimé le mécontentement indigène, mais la petite force espagnole n'a jamais été en mesure de reculer complètement les autres Indiens Pueblo.
Indiens de la mission. Le petit contingent de frères franciscains qui avait accompagné Oñate au Nouveau-Mexique s'est immédiatement mis à construire des églises et des doctrines. En remontant lentement le Rio Grande, les missionnaires ont rencontré relativement peu de résistance et leurs efforts ont produit de nombreux convertis. Le nombre de nouveaux catholiques, cependant, était trompeur. Alors que les jésuites n'acceptaient les convertis qu'après avoir maîtrisé les subtilités de la théologie chrétienne, les franciscains se contentaient de ne donner aux Indiens que les moindres contours de leur foi avant de les plonger dans l'eau. Indiens qui ont appris à chanter des hymnes, qui ont reçu une éducation rudimentaire, qui ont maîtrisé l'espagnol castillan, et qui ont accepté le nouveau hispanique
le mode de vie était compté parmi les membres de la nouvelle république des Indiens. Avec l'aide des prêtres, les Pueblos ont appris à élever des moutons et à cultiver de nouvelles cultures telles que le blé, les pêchers et la pastèque. Les prêtres ont également contesté les pouvoirs des guérisseurs et des chamans indigènes et ont réussi à persuader de nombreux Pueblos qu'eux-mêmes et non les spiritualistes indigènes avaient accès aux pouvoirs merveilleux des cieux.