Plantes médicinales. Pour la personne moyenne sans accès facile ou abordable aux médecins, de nombreux remèdes et préventifs étaient disponibles grâce à la tradition du materia medica (questions médicales), une survivance du monde romain tardif. Cet ensemble d'ouvrages décrit des centaines de plantes et leurs utilisations médicinales, ainsi que des schémas préventifs censés réduire les risques de maladie. Dans les monastères, les palais et dans la plupart des villes et villages, des «herbiers», ou jardins d'herbes aromatiques, étaient conservés pour cultiver les légumes, les plantes et les herbes utilisés pour les traitements médicaux. Ils étaient généralement disposés en grille, une tendance amorcée par l'influent monastère bénédictin de Saint-Gall en Suisse au cours du IXe siècle. De nombreuses plantes des herbiers étaient aussi bien ornementales que médicinales, et toutes étaient pratiques. Les lis ont non seulement une belle apparence et une bonne odeur, mais leurs racines étaient utilisées pour traiter les maladies de la peau telles que les ulcères, les verrues et les cors. De nombreuses fleurs produisent des pigments pour les colorants, les encres et les peintures, ainsi que des médicaments tels que les purgatifs et les soporifiques. Hildegarde de Bingen (1098-1179), une mystique et prieure allemande qui a organisé une école d'infirmières, a cultivé plus de quarante sortes de plantes médicinales et en a décrit d'autres qui pourraient être rassemblées localement dans ses deux livres sur les simples (trouvés dans la nature) et médicaments composés (fabriqués). Combinant les théories médicales galéniques de base avec les traditions de la médecine populaire européenne et des remèdes, elle a interprété les deux corpus de connaissances dans un cadre théologique mais laissait rarement sa médecine être compromise par des préoccupations morales ou religieuses primordiales. Ses écrits populaires, qui ont été copiés et recopiés tout au long du Moyen Âge, sont devenus parmi les premiers ouvrages imprimés d'une écrivaine sur la science et la médecine.
Remèdes à la maison. Un type de manuscrit médiéval créé pour la gestion des manoirs, appelé un livre de maison (maison-livre) en allemand, contenait souvent de nombreuses recettes de plantes médicinales et leurs utilisations. Certains des conseils - comme la suggestion de prendre des purgatifs pour ce qu'on appelle maintenant une intoxication alimentaire - sont valables. L'analyse moderne des nombreuses méthodes de contrôle des naissances et des abortifs a montré que bon nombre d'entre elles sont assez efficaces. D'autres recettes étaient d'un usage douteux, mais probablement de peu de mal, et étaient néanmoins largement répétées pour la logique inexorable derrière elles. Ces recettes reposaient souvent sur ce que l'on appelle la «magie sympathique», la croyance que l'apparition d'objets et de substances «annonçait» leur utilisation. Par conséquent, les noix ont été données pour soigner les migraines parce que la noix ressemble à un cerveau miniature, et les navets ont été utilisés pour traiter l'impuissance en raison de leur ressemblance avec la partie affectée de l'anatomie.
Herbes. Les remèdes de la materia medica étaient assez efficaces, mais comme elles dérivaient de la tradition romaine, alors que ce corpus se propageait vers le nord, de nombreuses recettes devinrent inutiles car les ingrédients qu'elles contenaient ne poussaient pas au nord des Alpes. Les nombreux nouveaux ingrédients qui existaient dans la région, cependant, ont inspiré un intérêt pour la botanique et, accessoirement, la minéralogie (comme dans le travail d'Albertus Magnus), alors que les chercheurs tentaient de comprendre les propriétés et les utilisations de toutes sortes de substances naturelles. Les manuels étendus qu'ils ont produits sont devenus connus collectivement sous le nom d'herbes médiévales et, de l'Espagne à la Scandinavie et de l'Irlande à l'Autriche, ils ont été largement copiés et extraits tout au long du Moyen Âge. Au fur et à mesure que la tradition se répandait et grandissait, elle a également inspiré le besoin d'une description et d'une illustration précises, deux caractéristiques de la
méthode scientifique inductive. Une plante n'est pas très utile si ses lecteurs ne peuvent pas distinguer de manière fiable une plante d'une autre, et au XIVe siècle, les artistes européens avaient commencé à s'efforcer d'obtenir une représentation plus naturaliste de la vie végétale. Au milieu du XVe siècle, les plantes herbales étaient extrêmement communes, avec des illustrations de plus en plus précises, rivalisant et dépassant souvent leurs anciens exemplaires.