Deir el Medina. Les temples n'étaient pas le seul endroit où le culte des dieux avait lieu. Le site de Deir el Medina a conservé les vestiges de chapelles publiques dédiées aux dieux. Ces chapelles présentent une conception assez cohérente. Ils consistaient en un parvis ouvert menant à une salle couverte, souvent avec un ou deux piliers, avec des bancs le long de chaque paroi latérale. Sur les bancs se trouvaient des sièges, sept le long d'un côté de la salle, cinq le long de l'autre. Certains sièges de ces chapelles étaient inscrits avec les noms d'individus, ce qui peut indiquer que la participation au culte dans la chapelle se faisait par abonnement. Il y a des preuves plus tard en Égypte de l'existence de «guildes de sectes», dans lesquelles des individus concluraient un contrat légal pour se regrouper dans le culte d'une divinité particulière. De telles preuves n'apparaissent pas avant la 26e dynastie (664-525 avant notre ère), et aucune preuve écrite de ces sociétés n'a encore été trouvée pour le Nouvel Empire (vers 1539-1075 avant notre ère) en Égypte. Le parvis ouvert cède la place à une petite pièce, appelée le pronaos, ce qui a conduit à une série d'un à trois sanctuaires pour les statues de culte, ou plus probablement, les stèles, aux dieux du sanctuaire. Sur les côtés de ces pièces se trouvaient des pièces de service subsidiaires ou des pièces dans lesquelles le gardien de la chapelle pouvait vivre. Les prêtres qui ont servi ces chapelles étaient les ouvriers qui
a vécu à Deir el Medina et a servi à temps partiel dans la chapelle. Les chapelles étaient des endroits où les fidèles pouvaient se rendre pour faire des prières, des offrandes et recevoir des oracles.
Sanctuaires domestiques. Les maisons d'Amarna ont conservé des traces de sanctuaires domestiques. Ces sanctuaires étaient situés dans le jardin, entourés d'arbres et séparés du reste du jardin par un mur. Ils consistaient en une volée d'escaliers en pente menant à une plate-forme sur laquelle se trouvait une pièce fortifiée contenant un autel de brique ou de calcaire. Dans ces sanctuaires se trouvaient des statues d'Akenaten et de sa famille, ou des stèles montrant la famille royale adorant l'Aton. Encore une fois, à Deir el Medina, les collines autour de la ville sont parsemées de plus de cinquante minuscules sanctuaires disposés en rangées approximatives. Ces sanctuaires se composaient chacun de quelques pierres brutes, disposées pour former un fond, un sol, deux côtés et un toit. Parfois, des pierres marquaient un parvis miniature. À l'intérieur de chaque sanctuaire se trouvait à l'origine une petite stèle, commémorant le dévouement de son donateur à ses dieux. Enfin, il y avait des endroits réservés dans la maison même où les gens pouvaient adorer leurs dieux. Les murs d'une maison pourraient contenir des niches dans lesquelles pourrait être placée une stèle d'un
Dieu. Ces niches pourraient être équipées d'une porte en bois et se trouver dans n'importe quelle pièce de la maison. Les divinités particulièrement populaires dans ces sanctuaires domestiques étaient Meretseger (déesse protectrice de la nécropole thébaine), Renenutet (déesse de la récolte), Sobek (dieu crocodile), Amon, Taweret (déesse qui protégeait les femmes pendant l'accouchement) et Hathor (déesse mère). En plus des dieux, des stèles représentant des parents décédés ou des bustes anthropoïdes de tels parents ont été érigées et ont servi de récipiendaires des offrandes. Les parents décédés étaient vénérés comme akh aper, esprits efficaces, et on pensait pouvoir influencer la vie de leurs parents vivants.
Culte inconnu . La nature du culte exercé dans ces lieux privés est mal connue. D'après les images sur les stèles, il semble que des offrandes d'encens, de nourriture et de libations aient été faites aux dieux. Le rituel impliqué dans ces offrandes, ou leur fréquence, est inconnu. Une suggestion est qu'une version plus petite et moins élaborée du rituel quotidien du temple peut avoir été célébrée, mais ce n'est qu'une conjecture.