En janvier 1886, une cour de circuit californienne entendit l'affaire Comté de Santa Clara contre Southern Pacific Railroad Company. Le gouvernement du comté, dont le siège est à San Jose, a porté plainte contre la compagnie ferroviaire sur la question du non-paiement des taxes d'État par le Pacifique Sud. L'État avait tenté de collecter des taxes sur les clôtures (qu'il considérait comme des «améliorations») que le Pacifique Sud avait érigées entre la chaussée et les terres adjacentes. La compagnie de chemin de fer a soutenu que la Californie n'avait pas le pouvoir de percevoir les taxes sur la chaussée ou les clôtures parce qu'elle n'avait pas compétence sur ces terres ou sur les améliorations qui y avaient été apportées. Les avocats de Southern Pacific ont soutenu que la société avait obtenu les terres en vertu d'une loi fédérale approuvée par l'État de Californie. L'objet déclaré de l'acte était de «construire une ligne de chemin de fer et de télégraphe entre le fleuve Missouri et le Pacifique, qui, à toutes fins de communication, de voyage et de transport, en ce qui concerne le public et le gouvernement général, devrait être utilisé «comme une ligne continue connectée». »Par conséquent, l'évaluation a été jugée nulle.
La décision favorable que Southern Pacific a reçue dans cette affaire a suscité l'indignation du public. Non seulement le chemin de fer contrôlait la plupart des transports californiens, mais il exerçait une puissante influence politique. Parmi les opposants les plus virulents du Pacifique Sud se trouvait William Randolph Hearst (1863–1951), qui, en tant qu'éditeur du San Francisco Examiner journal, a lancé une attaque contre les pratiques monopolistiques de la compagnie ferroviaire. En 1901, le Pacifique Sud est devenu une plus grande puissance lorsque le financier Edward Harriman (1848–1909) l'a acquis avec Central Pacific Railroad; Harriman domine ainsi le trafic ferroviaire à l'Ouest. Le monopole de Harriman est devenu l'objet d'une enquête par l'Interstate Commerce Commission (ICC) en 1906-1907.
La perte de Southern Pacific est venue en partie aux mains du politicien Hiram Johnson (1866–1945), candidat républicain progressiste au poste de gouverneur de Californie en 1910, qui a fait le tour de l'État avec sa promesse de «chasser le Southern Pacific Railroad de la politique». Gagnant les élections, Johnson et ses collègues réformateurs ont pris le contrôle des deux chambres de la législature de l'État en 1911, puis ils ont adopté une loi pour réglementer les chemins de fer et autres services publics. En 1913, le procureur général des États-Unis a poursuivi les chemins de fer du Pacifique Sud et de l'Union, affirmant que leur fusion violait le Sherman Anti-Trust Act de 1890.