Le Conseil de l'Église des Cent Chapitres (connu des Russes sous le nom de Stoglav ) a été convoqué à Moscou en février 1551 par le tsar Ivan IV et le métropolite Makary, en présence de représentants du conseil des boyards, de neuf évêques et de nombreux abbés, prieurs et prêtres. Le but du conseil était de réglementer les relations de l'Église avec l'État, de réformer sa vie interne, de renforcer l'autorité des évêques et d'éradiquer les coutumes populaires non chrétiennes parmi la population. Cela n'introduirait rien de nouveau mais purifierait l'Église russe des irrégularités.
Aucun dossier complet des résolutions du conseil n'a survécu, mais un compte-rendu partiel a été conservé dans un livre (le Stoglav ) divisé en cent chapitres, dont le conseil tire son nom. Ivan a ouvert la procédure par un discours dans lequel il a avoué ses péchés et appelé à la repentance nationale, puis a demandé au conseil d'approuver son nouveau code de loi de 1550 et les statuts destinés à abolir la corruption dans l'administration provinciale. Après cela, le tsar a présenté une liste de questions, apparemment compilée avec l'aide du métropolite Makary et du prêtre Sylvester, concernant les carences dans la vie de l'église et l'hérésie parmi le peuple, et a appelé le conseil à recommander des remèdes.
En mai 1551, le Conseil des Cent Chapitres avait achevé ses délibérations. Le nouveau code de droit et les statuts d'Ivan ont été confirmés, mais la sécularisation proposée des terres de l'Église pour la tenure militaire et la subordination des clercs à la juridiction laïque ont été catégoriquement rejetées. Lorsque le tsar a confirmé l'inviolabilité des biens de l'Église, les évêques ont fait des compromis en acceptant des limites à l'augmentation de la propriété ecclésiastique. De plus, les privilèges financiers des monastères ont été réduits et aucune nouvelle colonie monastique exempte d'impôt ne devait être fondée dans les villes sans l'approbation du tsar, augmentant ainsi les recettes fiscales de la Couronne. Le concile a demandé que de nombreuses irrégularités dans la vie de l'église soient corrigées. Entre autres choses, l'ivresse du clergé devait être éradiquée, les curés devaient être mieux éduqués, et les prêtres comme les laïcs devaient être protégés contre les collecteurs d'impôts épiscopaux rapaces. Les pratiques «païennes» et étrangères populaires parmi les laïcs étaient interdites, telles que les ménestrels jouant aux mariages et le rasage de la barbe.
Les décisions du conseil ont permis de standardiser les livres religieux, les rituels et la peinture d'icônes et ont protégé les biens de l'église et les droits judiciaires contre l'empiètement de l'État. Les évêques ont accru leur autorité judiciaire sur les monastères, et ont également étendu leur surveillance du clergé paroissial en nommant un réseau d'anciens prêtres. Cependant, certaines des résolutions du conseil n'ont pas été mises en œuvre et d'autres se sont avérées infructueuses. La série de décrets publiés en 1551 dans tout l'État russe appelant à la purification de la vie religieuse a dû être régulièrement réédité, ce qui suggère que les corrections n'ont pas été appliquées et que les abus n'ont pas été extirpés. Malgré les demandes du conseil pour une éducation cléricale améliorée, il n'y a aucune preuve d'amélioration avant la seconde moitié du XVIIe siècle. L’alcoolisme continue de poser problème et l’extorsion d’impôts par les percepteurs n’a jamais été totalement éradiquée. Les tentatives de purifier le christianisme du peuple semblent avoir échoué et de nombreuses pratiques superstitieuses répertoriées par le concile ont survécu jusqu'au début du XXe siècle. La tentative de réformer le comportement des laïcs a été entravée par le fait que les curés étaient responsables de sa mise en œuvre, mais n'avaient pas reçu l'éducation, l'assistance ou les moyens de mise en application qui auraient rendu cela possible.
Le Conseil des Cent Chapitres a affirmé le principe byzantin traditionnel de «symphonie» (c'est-à-dire de coopération) entre l'Église et l'État, mais les débats illustrent la lutte de pouvoir en cours entre les autorités religieuses et laïques de la Russie. En tant que document historique, le Stoglav jette une lumière unique sur la vie culturelle du début de la Russie moderne et sur le personnage d'Ivan IV. Aux côtés du Nomocanon (un recueil de droit ecclésiastique byzantin), il est devenu un manuel fondamental du droit ecclésial jusqu'au milieu du XVIIe siècle, lorsque le patriarche Nikon de Moscou a annulé certaines de ses décisions sur les rituels religieux mineurs. Les opposants de Nikon soutenaient que les anciens rituels étaient corrects et que les décisions du Conseil des Cent Chapitres avaient une autorité canonique. Le désaccord qui s'ensuivit devint l'une des principales causes du schisme de l'Église russe.