Dans l'Église orthodoxe, les conciles (en grec, synode ; en russe, synode ) sont la forme la plus élevée d'autorité ecclésiastique, dont les plus importants sont les sept conciles œcuméniques qui se sont tenus entre les années 325 et 787. Depuis 1500, l'Église russe a convoqué plusieurs conciles «locaux» ou nationaux (pomestnye sobory ), qui s'appliquent spécifiquement à l'Église russe elle-même. L'autorité ultime pour la prise de décision lors de ces conseils est restée entre les mains des évêques, bien que, au XXe siècle, le clergé et les laïcs aient participé à un rôle consultatif avec des degrés de pouvoir variables. Depuis la montée de la Russie moscovite, les conseils locaux ont eu lieu à Moscou ou juste au nord-est de celle-ci au monastère de la Trinité à Sergiev Posad (connu sous le nom de Zagorsk pendant la période soviétique).
Le Concile de 1503 confronta les positions contradictoires de deux moines qui furent par la suite tous deux glorifiés par l'Église comme saints. Joseph de Volotsk a préconisé la création de monastères cénobitiques (dans lesquels les moines vivaient en commun, partageant tout), les propriétés foncières des églises et l'implication active des moines dans le monde. Nil Sorsky a promu un monachisme qui s'est séparé du monde; Les moines, pensait-il, devraient vivre comme des ermites et gagner un revenu de leur propre travail. Bien que les débats entre possesseurs et non-possesseurs, comme leurs deux points de vue sont respectivement connus, équivalaient à une différence d'accent et non à une opposition absolue, le Conseil de 1503 rejeta les positions de Nil. En conséquence, la propriété et la richesse monastiques du XVIe siècle ont augmenté. L'assemblée a également condamné le mouvement Judaizer comme une hérésie.
Le Conseil de 1666–1667 a été convoqué au milieu des efforts du tsar Alexei pour faire face aux réformes du patriarche au franc-parler Nikon. En présence des patriarches Paissy d'Alexandrie et du Macaire d'Antioche, l'assemblée a approuvé les réformes des livres de rituels et de services de Nikon, mais a déposé Nikon lui-même pour ses tentatives d'atteindre l'autorité suprême sur le tsar. Le Conseil a appelé à augmenter le nombre d'évêques, à fermer le bureau du monastère de l'État et à restaurer l'autorité des évêques sur le clergé; l'État a résisté à de tels changements afin de conserver son propre pouvoir. Le Concile a cherché à restreindre la reconnaissance non réglementée des saints et des reliques miraculeuses, a réduit le nombre de jours de saints qui étaient des fêtes nationales et a appelé à une attitude sceptique en considérant la validité des «saints imbéciles».
Le Conseil de 1682, convoqué sous le règne du tsar Théodore, a examiné les questions et les propositions qui avaient été soulevées au Conseil de 1666-1667, y compris l'ajout de dix diocèses aux treize existants. Puisqu'un seul nouveau diocèse a été ajouté, l'expansion de l'administration ecclésiastique demeure un problème. D'autres décisions concernaient le comportement du clergé et la réglementation des services religieux et la vénération des reliques.
Le Concile de 1917-1918 représentait le point culminant d'un mouvement de réforme de l'Église du début du XXe siècle. Après la Révolution de février, il a tenté de reconstruire les relations entre l'Église et l'État en coopération avec et en anticipant la transformation politique proposée de la Russie par le biais de l'Assemblée constituante. Il a également lutté contre la montée des mouvements nationalistes et du pouvoir soviétique. Le Conseil avait été très attendu en 1906 mais, par crainte de troubles politiques, avait été reporté par le tsar Nicolas II. Ses délégués se composaient de 265 clercs (évêques, prêtres et moines) et 299 laïcs; bien que les sessions plénières de l'assemblée aient été de ce fait dominées numériquement par des membres nonpiscopaux (un écart par rapport à la tradition), aucun décret n'a été officialisé avant d'être approuvé par la conférence épiscopale du Conseil, qui s'est réunie en session secrète. Le Conseil a rétabli le Patriarcat de Moscou pour remplacer l'administration synodale de l'Église supérieure instituée par Pierre le Grand; autorité décentralisée dans l'administration diocésaine pour créer un système ecclésiastique plus sensible aux besoins du clergé et des laïcs; et réformé la paroisse, qui est devenue une personne morale habilitée à exécuter de nombreuses décisions par elle-même. Le Conseil a également examiné une foule de questions concernant la discipline de l'Église. La suppression par les bolcheviks de l'Église institutionnelle a rendu difficile, voire impossible, l'exécution des décrets du Concile. En 1918, les délégués se sont de plus en plus concentrés sur la préservation de l'Église plutôt que sur sa réforme.
Le Conseil du 31 janvier au 2 février 1945 a été convoqué à la demande du gouvernement soviétique et a rompu à bien des égards avec la tradition de l'Église et les décrets du Conseil de 1917-1918. Tenu principalement pour élire un nouveau patriarche pour succéder au patriarche Sergius, le Conseil a choisi Alexei, le seul candidat proposé pour le poste. Composé de 46 évêques, 87 prêtres et 37 laïcs, le Conseil a créé une autorité centralisée entre les mains du patriarche, aux dépens de l'autorité synodale, diocésaine et paroissiale.
Le Conseil du 30 mai au 2 juin 1971 a réuni 236 délégués, dont un évêque, un prêtre et un laïc de chaque diocèse et des invités de l'extérieur de la Russie. Le Conseil élit le métropolite Pimen comme patriarche pour remplacer Alexei, décédé en avril 1970, et leva l'excommunication des vieux croyants au XVIIe siècle. Il a confirmé les réformes paroissiales du Conseil des évêques de 1961, qui avaient donné le pouvoir aux comités exécutifs de contrôler les finances, sapant ainsi l'autorité des prêtres et des évêques. Le Conseil a également approuvé l'octroi de l'autocéphalie (indépendance) aux Églises orthodoxes d'Amérique, de Pologne et de Tchécoslovaquie, ainsi que l'autonomie (autonomie) des Églises du Japon et de Finlande.
L'Église a convoqué le Concile du 6 au 9 juin 1988, pendant le millénaire du baptême de Rus en 988. L'assemblée a glorifié (canonisé) neuf saints: le Grand Prince Dmitri Donskoï, Andrei Rublev, Maxime le Grec, le métropolite de Moscou Macarius (1482–1563), Paissy Velichkovsky, Xenia de Pétersbourg, Mgr Ignatius Brianchaninov, Amvrosy d'Optina et Mgr Theofan le Reclus. Le Conseil a promulgué un nouveau statut sur l'administration de l'Église, qui appelait à la convocation d'un conseil local tous les cinq ans et d'un conseil des évêques tous les deux ans. Il a également renversé les décrets paroissiaux du Conseil épiscopal de 1961 en renforçant la position du prêtre dans la paroisse, en rendant sa signature nécessaire pour tous les documents du conseil paroissial et en l'établissant comme président du conseil paroissial.