L'Empire moghol (1526–1857) était le plus important des États islamiques indiens et l'un des plus grands empires indiens. L'État a été fondé pendant les années 1526–30 par Babur (1483–1530), un prince turc et aventurier militaire. Babur a envahi l'Inde de son royaume en Afghanistan à l'invitation des dirigeants régionaux pendant la guerre civile qui s'est développée dans le puissant Sultanat de Lodi de Delhi lors de l'accession du sultan Ibrahim Lodi (? –1526) au trône de son père. Babur a vaincu le sultan Ibrahim à la bataille de Panipat le 20 avril 1526, s'est déclaré empereur à Delhi et a procédé à la conquête d'un territoire qui s'étendait à travers le nord de l'Inde, de l'Afghanistan aux frontières du Bengale.
L'empire de Babur fut presque perdu par son fils, Humayan (1508–1556), qui fut poussé à l'exil par une confédération de nobles afghans mécontents dirigée par Sher Shah Sur, le dirigeant du Bihar de 1540–45. Profitant d'une lutte de succession parmi les nobles afghans, Humayan reprit Delhi en 1555 et mourut peu de temps après.
L'empire passa à son fils Akbar (1542-1606) qui vécut jusqu'à son titre européen, «le grand magnat». Au cours de son long règne, Akbar a étendu les frontières de son empire à travers le nord et le centre de l'Inde, de l'Afghanistan au plateau du Deccan (sud de l'Inde). Son règne se caractérise par l'unification politique, économique et administrative de l'empire et une politique de tolérance religieuse envers ses sujets non musulmans. Akbar a été remplacé par Jahangir, qui a régné de 1605 à 1627, et Shah Jahan, qui a régné de 1627 à 1658.
Le dernier grand dirigeant de l'empire fut Aurangzeb (1618-1707), qui emprisonna son père et prit le trône à la fin d'une guerre civile fratricide en 1658. Il régna jusqu'en 1707. Aurangzeb fut le premier empereur depuis Akbar à étendre les frontières de l'empire, conquérir les sultanats de Deccani en 1686 et 1687. À la fin de son règne, Aurangzeb a gouverné plus de territoire que n'importe quel monarque indien avant ou depuis. Son succès militaire fut contrebalancé par une politique de retour à des pratiques islamiques plus strictes, qui aliénèrent ses sujets non musulmans et aboutirent à plusieurs rébellions, la plus grave étant le soulèvement sikh des années 1670. Après avoir culminé dans les années 1680, la puissance d'Aurengzeb a rapidement diminué. En 1700, les Marathas, guerriers hindous, ravagent le Deccan. Les Rajput, amis des Moguls depuis l'époque d'Akbar, abandonnèrent leurs anciens liens avec l'empire. Les Sikhs et les Jats du Pendjab, ne se contentant plus du statut de vassal, ont établi des régimes indépendants.
Après la mort d'Aurangzeb, l'empire a été confronté à des défis à sa suprématie de tous côtés. Les cinq États de la Confédération Maratha contrôlaient la majeure partie du sud de l'Inde et avaient remplacé les Moguls comme puissance dominante dans la région du Gujarat. Les gouverneurs musulmans régionaux comme le Nizam d'Hyderabad ont rendu hommage à l'empereur de Delhi et ont prétendu régner en son nom, mais étaient effectivement devenus des États indépendants. Les sociétés commerciales européennes avaient créé des sphères d'influence le long de la côte. En 1739, Nadir Shah, le souverain de la Perse, a envahi l'Inde et a limogé Delhi. Par la suite, l'empereur moghol n'était plus qu'un dirigeant fantoche. À la fin du XVIIIe siècle, l'empereur moghol régnait au gré de la Compagnie britannique des Indes orientales. Le dernier empereur, Bahadur Shah, qui a régné de 1837 à 1857, a été déposé par les Britanniques et exilé à Yangon (Rangoon) après la violence de 1857, communément appelée la mutinerie indienne.