L'organisation de l'Europe d'après-guerre par des accords régionaux trouve son origine dans l'accord Benelux, le premier du genre, né de la Seconde Guerre mondiale et conclu sous forme de traité en 1958. Les négociations entre les délégués belges, néerlandais et luxembourgeois ont commencé en exil à Londres pendant la Seconde Guerre mondiale. Un accord économique entre eux a été signé le 21 octobre 1943, alors qu'ils étaient encore sous occupation allemande. Une convention douanière bilatérale transitoire a suivi le 5 septembre 1944, liant davantage les trois pays. La réflexion derrière ces documents était claire. La future union économique Pays-Bas-Belgique-Luxembourg était destinée à contribuer à la naissance d'une Europe stable et, à terme, à un système monétaire mondial stable, incarné par la Conférence de Bretton Woods. À Bretton Woods, New Hampshire, en 1944, les délégations belge et néerlandaise ont adopté un point de vue commun, indiquant un avenir commun des petits États européens dans les affaires économiques internationales.
Le traité Benelux, signé seulement en 1958, mais présent dans les grandes lignes depuis la convention douanière de 1944, ne visait pas une intégration économique complète des trois pays signataires. Les trois États l'ont rejoint pour améliorer leur position dans les négociations internationales, qui n'avaient guère été marquantes avant et pendant la guerre.
Sous l'impulsion du ministre belge des Affaires étrangères, Paul-Henri Spaak (1899-1972), la première conférence ministérielle des pays du Benelux a eu lieu les 17 et 18 avril 1946, à La Haye, où les ministres ont décidé de institutions du syndicat immédiatement en vigueur. En juillet 1946, le bureau du secrétaire général du groupe Benelux commença ses travaux à Bruxelles.
Le tarif douanier commun est entré en vigueur le 1er janvier 1948. Si les droits de douane ont été supprimés pour les échanges au sein du groupe Benelux, toutes les autres barrières de protection subsistent: restrictions quantitatives, taxe sur la valeur ajoutée, licences, réglementations monétaires et financières et fixation de quotas . L'une des tâches principales des organes du syndicat Benelux pendant les années d'après-guerre a été de supprimer progressivement toutes les mesures protectionnistes adoptées dans les années 1930.
Le Traité d'union économique Benelux, signé à La Haye le 3 février 1958, est entré en vigueur le 1er novembre 1960. Le traité portait la marque de l'expérience acquise à partir de 1946, dans le cadre d'une convention douanière. Chacun des trois partenaires avait le droit de nommer trois membres d'un Comité des Ministres, signalant ainsi le maintien de l'indépendance politique des trois Etats.
Le modèle d'une union douanière, fondé sur des modèles plus anciens, a été adopté pour fournir la base de la coopération, plutôt que pour définir ce que seraient des politiques communes. Une intégration économique plus complète aurait nécessité un changement constitutionnel majeur, ce qui, dans l'immédiat après-guerre, était inacceptable pour les populations des trois États partenaires.
Dans la période antérieure à 1958, les tâches économiques et monétaires des pays du Benelux étaient liées aux conséquences de la guerre. Les Pays-Bas, dont tout le territoire n'a été libéré qu'en avril-mai 1945, ont subi des dommages de guerre d'une nature beaucoup plus étendue que la Belgique. De plus, la Belgique n'a pas été confrontée aux problèmes monétaires des Pays-Bas, encombrés à partir de 1945 par une guerre coloniale coûteuse en Indonésie. Les deux pays ne pouvaient pas exporter vers l'Allemagne, dont l'économie était prostrée dans l'immédiat après-guerre. Les effets se sont fait plus ressentir aux Pays-Bas, qui avaient un grave déficit de leur balance des paiements.
Les difficultés monétaires des Pays-Bas ont été progressivement résolues au début des années 1950, grâce à l'Union européenne des paiements. L'absence temporaire du marché allemand a incité les trois gouvernements à rechercher des avantages communs via l'union Benelux, afin de s'ouvrir mutuellement des débouchés commerciaux pour leurs secteurs d'exportation. L'industrie belge, jusqu'en 1952 au moins, a largement profité de ces accords en accédant aux marchés néerlandais, auparavant dominés par la concurrence allemande.
La libre circulation des marchandises entre les trois pays ne s’étend pas aux produits agricoles. Ce problème n'a été résolu qu'au niveau du marché commun après 1958. Il en a été de même dans d'autres secteurs - par exemple, dans le domaine de l'harmonisation fiscale (en particulier en ce qui concerne les droits d'accise) et en ce qui concerne l'ouverture des marchés nationaux aux entreprises concurrentes étrangères.
Malgré le caractère incomplet et limité de l'initiative Benelux, le démantèlement progressif des barrières commerciales a eu des effets positifs sur les échanges entre les trois après la guerre. Cela représentait un solide précédent observé de près par ceux qui envisageaient de rejoindre le processus d'intégration économique européenne. Pour cette raison, le groupe Benelux se vantait d'être un véritable «laboratoire de l'Europe». L'expérience accumulée par les pays du Benelux en matière de politique tarifaire commune et de politique de commercialisation externe coordonnée a joué un rôle clair dans les négociations conduisant à l'établissement d'un tarif douanier commun de la Communauté économique européenne. L'expérience Benelux a ainsi préparé le terrain pour la voie de l'Europe occidentale vers l'union économique, qui s'étend désormais bien au-delà des horizons initialement envisagés pendant la Seconde Guerre mondiale.