L'Accord de Linggadjati a été approuvé par une délégation néerlandaise et des représentants de la République d'Indonésie le 12 novembre 1946, dans la station de montagne Linggadjati (Linggarjati) près de Ceribon à Java. L'accord est signé à Batavia (Jakarta) le 25 mars 1947.
Les autorités néerlandaises de retour aux Indes néerlandaises après la Seconde Guerre mondiale (1939-1945) se sont vite rendu compte qu'elles n'étaient pas en mesure de restaurer l'autorité néerlandaise sur Java et Sumatra, contrôlées par la République d'Indonésie. Cette République avait proclamé son indépendance le 17 août 1945. Le lieutenant-gouverneur général HJ van Mook (1894–1965), l'administrateur néerlandais le plus haut gradé de l'Est, se rendit compte que les négociations avec Sukarno (1901–1970), président de l'Indonésie République, étaient inévitables. Cependant, le gouvernement néerlandais aux Pays-Bas, ainsi que la plupart des partis politiques néerlandais, étaient réticents à parler à Sukarno, en particulier compte tenu de sa position pro-japonaise pendant la guerre.
Sous la forte pression britannique, les Néerlandais ont entamé à contrecœur des négociations avec la République d'Indonésie. Van Mook a étudié les événements en Indochine française pour trouver une solution aux problèmes néerlandais en Indonésie. Il voulait reconnaître la République d'Indonésie comme ayant autorité de facto sur Java et Sumatra en échange de la volonté de la partie indonésienne d'accepter un État fédéral indonésien qui serait partenaire du Royaume des Pays-Bas. Dans l'État fédéral indonésien, les Néerlandais contrôleraient au moins Bornéo (Kalimantan) et la partie orientale de l'archipel. Le modèle de cette proposition était la Fédération Indochinoise (Fédération Indochinoise) et l'Union Française (Union Française), qui étaient conçues pour maintenir le contrôle français sur le Vietnam.
Après les élections néerlandaises de mai 1946, le gouvernement de coalition néerlandais nouvellement formé décida de créer une "commission générale" afin d'entamer des négociations avec la République d'Indonésie. Les membres de cette commission générale étaient l'ancien premier ministre Wim Schermerhorn (1894–1977), Max van Poll (1881–1948) et Feike de Boer (1892–1976). Leur mission était d'adapter les dispositions constitutionnelles des Indes orientales néerlandaises aux réalités d'après-guerre sans renoncer à la mission impériale néerlandaise.
La commission générale partit pour l'Indonésie en novembre 1946 et entama des négociations avec une délégation de la République d'Indonésie, qui comprenait Sukarno et Sutan Sjahrir (1909–1966), à Linggadjati. Des négociations difficiles et longues ont suivi sur les relations futures entre les Pays-Bas et l'Indonésie. En fin de compte, van Mook a établi un compromis dans lequel les "États-Unis d'Indonésie" deviendraient un "État souverain et démocratique" au sein d'une Union Néerlando-Indonésienne, qui se concentrerait sur la coopération économique et culturelle. Les États-Unis d'Indonésie auraient trois États: la République d'Indonésie, l'Indonésie orientale et Bornéo. Les Néerlandais reconnaissent la République indonésienne comme ayant toute autorité sur Java et Sumatra.
Sukarno a accepté ce compromis afin d'éviter une lutte armée longue et difficile contre les Pays-Bas et, à la connaissance de sa République, contrôlerait la grande majorité de la population de l'Indonésie et contrôlerait donc bientôt les États-Unis d'Indonésie. La commission générale néerlandaise a accepté le compromis car une possible guerre était évitée et une relation future étroite entre les Pays-Bas et l'Indonésie semblait assurée.
Aux Pays-Bas, les forces conservatrices se sont fermement opposées à l'Accord de Linggadjati. La commission générale semble avoir «cédé» les Indes néerlandaises à un groupe irresponsable et peu fiable de nationalistes indonésiens. Le gouvernement néerlandais a décidé de modifier et d'interpréter l'accord afin d'assurer aux Pays-Bas une influence future raisonnable en Indonésie. Le ministre néerlandais des territoires d'outre-mer, JA Jonkman (1891–1976), a publié une déclaration au parlement dans laquelle l'accord de Linggadjati était appelé simplement une base pour de nouvelles discussions et les ambitions d'outre-mer des Pays-Bas ont été réaffirmées. Le Parti social-démocrate et le Parti catholique ont proposé une motion précisant que les futurs États-Unis d'Indonésie feraient partie d'une Union souveraine hollandaise-indonésienne. Le Parlement a adopté cette motion, par laquelle les Pays-Bas ont définitivement donné une nouvelle interprétation à l'accord de Linggadjati - sans changer les termes précis de l'accord lui-même.
Au sein de la République d'Indonésie, Sukarno a fait face à ses propres problèmes pour obtenir le soutien de l'Accord de Linggadjati. Les éléments radicaux en Indonésie ont été soutenus par le chef de l'armée, le général Sudirman (1915–1950), pour s'opposer à l'accord, qui n'a pas apporté l'indépendance immédiate et complète de l'Indonésie. Cependant, Sukarno a réussi à convaincre le Parlement indonésien que l'Accord de Linggadjati était un tremplin vers l'indépendance totale. Le 5 mars 1947, le parlement a accepté l'accord, mais seulement avec la compréhension explicite que le gouvernement indonésien devrait œuvrer à la "libération" de Bornéo et de l'est de l'Indonésie en intégrant ces régions à la République indonésienne "dès que possible. . "
Le 25 mars, l'Accord Linggadjati a finalement été signé par les Pays-Bas et l'Indonésie au palais Rijswijk à Jakarta. En réalité, deux accords différents ont été signés. Les Néerlandais ont signé l'accord tel qu'interprété par le gouvernement néerlandais et le Parlement néerlandais, ce qui signifie qu'ils ont convenu de former une Union néerlandaise-indonésienne souveraine et puissante dans laquelle les États-Unis d'Indonésie et la République d'Indonésie n'ont joué qu'un rôle mineur. Les Indonésiens ont signé l'accord dans sa forme la plus originale, n'acceptant qu'une Union Néerlando-Indonésienne symbolique et souhaitant des États-Unis d'Indonésie pleinement souverains dans lesquels la République d'Indonésie jouerait un rôle dominant.
Cette divergence d'opinion fondamentale sur l'avenir de l'Indonésie n'a pas pu être comblée dans les mois qui ont suivi la signature de l'Accord de Linggadjati. Finalement, le gouvernement néerlandais décida en juin 1947 de mener une guerre contre la République d'Indonésie, espérant que les Indonésiens «modérés» saisiraient l'opportunité de prendre le pouvoir sur la République. Les Néerlandais n'ont pas compris que les Indonésiens «modérés» souhaitaient également une indépendance totale. En décembre 1948, une seconde guerre s'ensuivit, après quoi la pression internationale, l'échec militaire et la perte d'influence politique en Indonésie poussèrent les Néerlandais à accepter l'indépendance de l'Indonésie sur le modèle de l'Accord de Linggadjati original.
En décembre 1949, les États-Unis d'Indonésie ont été formés. Le nouveau pays était lié aux Pays-Bas par une union symbolique entre les Pays-Bas et l'Indonésie. Cette construction politique ne dura que quelques années: les États-Unis d'Indonésie furent bientôt remplacés par une République unitaire d'Indonésie. L'Indonésie a quitté l'Union néerlando-indonésienne en 1954.