Comité secret du congrès. Le Congrès a créé ce comité permanent (parfois confondu avec le Comité de correspondance secrète) le 18 septembre 1775, chargé d'organiser l'approvisionnement en fournitures de guerre. Compte tenu de larges pouvoirs, de grosses sommes d'argent et de l'autorisation de garder ses délibérations secrètes - il a détruit plusieurs de ses archives - le Comité secret a été efficace en grande partie grâce à son premier président, Thomas Willing, qui a été remplacé en décembre 1775 par son partenaire commercial, Robert Morris. (Le 30 janvier 1776, ce dernier fut également nommé à l'autre comité secret.) Les autres membres originaux étaient Benjamin Franklin, Silas Deane, Robert R. Livingston, John Alsop, John Dickinson, Thomas McKean, John Langdon et Samuel Ward. Les membres de ce comité étaient généralement des hommes expérimentés dans le commerce extérieur, ce qui entraînait de graves conflits d'intérêts. Les plus gros contrats sont allés à la firme Willing and Morris; aux parents et amis de Deane; et aux entreprises liées à Alsop, Livingston et Francis Lewis (qui ont ensuite rejoint le comité). Les critiques des activités du comité se sont multipliées au fur et à mesure que la guerre progressait, les Adams et Lees exigeant sans succès une enquête sur les profits de guerre.
L'autorité du Comité secret fut bientôt étendue pour inclure les fournitures autres que les armes et les munitions. En janvier 1776, on lui demanda d'importer des médicaments, des instruments chirurgicaux, des couvertures, des articles en coton et divers métaux. Bientôt, il contrôlait pratiquement tout le commerce extérieur. L'une des opérations les plus discutables du comité commença en janvier 1776, lorsque le Congrès le vota quarante mille livres pour l'importation de cadeaux indiens; les marchands contractants ont eu droit à une commission de 5 pour cent et le gouvernement a assuré leurs navires contre les saisies britanniques. Trois des quatre marchands contractants étaient membres du Comité secret: Morris, Alsop et Lewis. L'autre était Philip Livingston, cousin d'un autre membre du comité. En avril, le Comité secret a été autorisé à armer et à équiper des navires dans les pays étrangers pour les travaux du Congrès, devenant ainsi impliqué dans la course à pied.
L'organisme s'est lancé hardiment dans le domaine des affaires étrangères lorsque, en liaison avec le Comité de correspondance secrète, il a envoyé Silas Deane en France. Les affaires des deux comités secrets devinrent désespérément brouillées au début de 1777 lorsque Franklin, Deane et Arthur Lee commencèrent leurs fonctions de commissaires à la paix. Le nom du Comité secret fut donc changé en juillet 1777 pour devenir le Comité du commerce, qui devint plus tard le Département du commerce, et le Comité de la correspondance secrète devint le Comité des affaires étrangères le 17 avril 1777.