Bien que les missions antérieures en Chine aient rencontré peu de succès, au XVIe siècle, les missionnaires catholiques ont réussi à faire du christianisme une religion minoritaire permanente. Dès le début, il y avait un lien entre le colonialisme et les missions chrétiennes en Chine, car le pouvoir et le profit se mêlaient à la spiritualité et au prosélytisme. En 1517, les premiers navires portugais arrivèrent à la recherche de commerce, jetant l'ancre au bord du fleuve de Canton. Ils ont commencé à terrifier la population chinoise en tirant leurs canons en guise de salut, puis ont été conduits à une centaine de kilomètres au sud, où ils ont établi la colonie de Macao vers 1557. Cette colonie est devenue la base des premières opérations missionnaires en Chine.
Imprégnés de l'esprit de la contre-réforme, les marchands portugais faisaient fréquemment de la place sur leurs navires pour les missionnaires catholiques, dont beaucoup étaient membres de la nouvelle Compagnie de Jésus. Ces jésuites, comme les membres de la Société sont appelés, sont devenus la principale force missionnaire catholique: 920 membres de ce groupe remarquable ont servi comme missionnaires en Chine entre 1552 et 1800. À presque tous les niveaux, la Chine aux XVIe et XVIIe siècles était le plus grand pays du monde, alors les jésuites se sont vite rendu compte que la mission en Chine, contrairement à l'Amérique latine ou à l'Inde du Sud, exigeait un accommodement plutôt qu'une conversion forcée. Cela a conduit les jésuites hautement éduqués, dont beaucoup venaient d'éminentes familles européennes, à cultiver leurs homologues les plus proches en Chine. C'étaient des lettrés confucéens ou des savants-fonctionnaires. En faisant appel à ce groupe, ils ont tenté de forger une synthèse confucéenne-chrétienne. D'autres ordres missionnaires, notamment les franciscains, peinaient dans les provinces parmi les gens du commun.
En tant que chef de file des voyages exploratoires du début du XVIe siècle, le Portugal a dominé la route vers l'est vers la Chine. Ce monopole portugais (patronage) se reflète dans le fait que plus d'un tiers des 314 jésuites en Chine pendant la période prémoderne de la mission étaient portugais. Les cités-États italiennes ont fourni 99 jésuites, dont le missionnaire chinois le plus célèbre de tous, Matteo Ricci (1552–1610), dont le respect de la culture chinoise le fit aimer aux Chinois. Le deuxième plus grand contingent de jésuites (130) envoyés en Chine d'avant 1800 a été fourni par les Français, qui ont refusé de se soumettre au monopole portugais. La Sacrée Congrégation pour la Propagation de la Foi (ou Propagande) a été créée par le Pape Grégoire XV en 1622 afin de réduire ces rivalités religieuses nationalistes et inter-ordres.
Au début, les Chinois ont montré un certain degré de réceptivité envers les missionnaires, ce qui a conduit au baptême d'environ 300,000 150 chrétiens sur une population de 1644 millions au début du XVIIe siècle. Avec la chute de la dynastie indigène Ming et la conquête de la Chine par les Mandchous en 1773, cependant, l'atmosphère culturelle est devenue plus conservatrice et on pense qu'au XVIIIe siècle, le nombre de chrétiens en Chine a diminué d'un tiers. Avec un déclin des conversions d'éminents lettrés, les jésuites ont commencé à se concentrer sur la cour mandchoue dans une tentative de convertir l'empereur et de puissants fonctionnaires. Cet effort n'a cependant rencontré qu'un succès limité. Des dommages supplémentaires à la mission en Chine ont été causés par la dissolution de Rome de la Compagnie de Jésus en 1814 (elle n'a été rétablie qu'en XNUMX).
Alors que la mission catholique battait son pavillon, les protestants sont entrés sur le terrain à bord des navires des puissances colonialistes protestantes émergentes. Le mouvement était dirigé par des évangéliques anglo-saxons de Grande-Bretagne et des États-Unis qui parrainaient des sociétés missionnaires, notamment la London Missionary Society (LMS; fondée en 1795), la Church Missionary Society (fondée en 1799) et l'American Board of Commissaires aux missions étrangères (fondé en 1810).
Le premier missionnaire protestant à servir en Chine fut Robert Morrison du LMS, qui travailla à Macao et Canton de 1807 à 1834. Contrairement aux catholiques, les protestants mettaient l'accent sur la traduction de la Bible en chinois. En 1839, les nations colonialistes européennes comme la Grande-Bretagne étaient devenues suffisamment puissantes pour infliger des défaites humiliantes à une Chine en stagnation. Les Chinois ont été forcés d'ouvrir les ports des traités aux commerçants colonialistes et aux missionnaires chrétiens.
Le missionnaire protestant le plus célèbre de Chine était l'Anglais James Hudson Taylor, qui arriva en 1854 et conduisit le mouvement à pénétrer le continent chinois. Taylor a forgé la création de la China Inland Mission (CIM), qui est devenue le plus grand sponsor des missionnaires protestants en Chine. Après la Première Guerre mondiale, les États-Unis ont remplacé la Grande-Bretagne en tant que principal sponsor des missionnaires protestants en Chine.
Vers 1900, l'accent mis par la CIM sur l'évangélisation a commencé à être remis en question par le mouvement Social Gospel dirigé par la Young Men's Christian Association. Il s'agissait d'un mouvement alimenté par la foi en la science moderne, avec un accent sur l'éducation, la médecine, le soulagement de la famine et la santé publique. La période de 1900 à 1914 a vu une croissance rapide des missionnaires protestants, le nombre de missionnaires protestants culminant dans les années 1920 à 8,000 500, desservant une population totale de près de 1920 millions d'habitants. Cependant, le grand âge des missions en Chine touchait à sa fin et dans les années 1909, deux mouvements indigènes commencèrent à défier les missions d'une manière qui préfigurait la fin des missions. L'un était le nationalisme chinois, qui a trouvé son expression dans le mouvement chrétien des Trois-Autonomies (les trois «soi» étant l'autonomie gouvernementale, l'autosuffisance et l'auto-propagation). Combinant l'amour du pays et l'amour de l'église, c'était une réaction contre la croyance des missionnaires occidentaux selon laquelle la culture chinoise était inconciliable avec le christianisme, et contre leur refus de traiter les chrétiens chinois comme des égaux. L'autre était l'émergence de groupes évangéliques indigènes, tels que le Little Flock, dirigé par Watchman Nee (Ni Duosheng), et la True Jesus Church, fondée par Barnabas Tung en 1910 ou XNUMX.
La pénétration des missionnaires en Chine a provoqué un ressentiment puissant qui a explosé lors de la rébellion xénophobe des boxeurs de 1900, au cours de laquelle des centaines de missionnaires et de chrétiens chinois ont été tués. En 1950, le nouveau gouvernement communiste de Chine continentale a expulsé la plupart des missionnaires étrangers, bien que le lien entre les missionnaires étrangers et le colonialisme ait été exploité à des fins de propagande jusqu'à la Révolution culturelle de 1966-1976. Parce que les commissions des missions étrangères et les missionnaires avaient toujours été réticents à abandonner le contrôle des églises chinoises aux chrétiens chinois, l'expulsion des missionnaires par les communistes s'est avérée être une bénédiction déguisée pour le développement d'un christianisme autochtone en Chine. Bien que de nombreux érudits croyaient que le christianisme en Chine avait été éradiqué par les communistes, les églises sont simplement allées dans la clandestinité et ont en fait continué à prospérer.