Après la destitution de Nikita S. Khrouchtchev en octobre 1964, Alexei N. Kosygin (1904–1980) devint président du Conseil des ministres de l'URSS, dans le cadre d'un duumvirat avec Leonid Brejnev. En quelques mois, la nouvelle direction rétablit la structure ministérielle industrielle, que Khrouchtchev avait remplacée par sovnarkhozy (conseils économiques). Gosplan a retrouvé son rôle de premier plan dans la planification économique.
En septembre 1965, Kosygin a annoncé une réforme globale de la planification mettant en œuvre certaines des idées de l'économiste de Kharkov Yevsey Liberman et de nombreux autres économistes industriels qui avaient exhorté à s'appuyer sur l'indicateur de profit au lieu de directives détaillées et nombreuses, souvent en conflit les unes avec les autres. La rentabilité était depuis un certain temps l'un des indicateurs de la réalisation du plan, bien que le principal indicateur reste la production brute (valovaya produktsia, or vague pour faire court), par rapport aux niveaux prévus. Désormais, les directives seraient au nombre de sept, la rentabilité du capital (à des prix contrôlés et non marchands) - ou des ventes, pour les entreprises de biens de consommation - constituerait le principal indicateur de formation de bonus. Au lieu de quatre indicateurs standards d'utilisation de la main-d'œuvre, il n'y en aurait qu'un: le fonds des salaires.
Les autres tâches obligatoires devaient être la vente (realizatsiya ), assortiment, paiements au budget, investissements centralisés, nouvelles techniques à introduire et tâches d'approvisionnement obligatoires. L'infâme vague serait abandonnée, ainsi que l'objectif de réduction des coûts, qui compromettaient tous deux la qualité de la production. En fonction du succès de l'entreprise dans l'augmentation des ventes et du taux de profit - et sous réserve de l'accomplissement des autres tâches du plan - les bénéfices non répartis iraient à de nouveaux investissements, aux installations sociales et au logement, et aux primes supplémentaires des travailleurs. Cette disposition visait à renforcer les incitations matérielles pour les personnes engagées dans l'entreprise. Bien que différenciées et assez compliquées, ces normes étaient censées être stables. Après avoir payé une nouvelle charge de capital de 6%, plus de la moitié des bénéfices nets sont généralement allés à l'État, mais pas aux fonds des entreprises. Les prix entiers des nouvelles entreprises seraient annoncés d'ici 1967 mais toujours basés sur les coûts et non sur la rareté du marché. Cela permettrait de mettre fin aux subventions aux entreprises déficitaires.
Un avantage du système sovnarkhozy a été conservé: les dépôts d'approvisionnement interindustriels régionaux ont été conservés sous l'égide du Comité d'État sur l'approvisionnement en matériaux (Gossnsab ). Le commerce de gros devait ainsi être développé. Plusieurs autres comités d'État ont également été créés pour la fixation des prix et pour la science et la technologie. Le souci du changement technologique s'est également reflété dans la création d'associations de production scientifique, destinées à établir un meilleur lien entre la recherche, la technologie et l'introduction de nouveaux produits.
A peine ces réformes ont été mises en œuvre que des modifications importantes ont dû être introduites pour réglementer la taille et la répartition des fonds des entreprises. De nouveaux objectifs ont été ajoutés pour les biens de consommation et la qualité; plus tard dans les années 1970, la productivité du travail, la production brute et d'autres objectifs sont revenus sur la liste obligatoire. Les problèmes d'approvisionnement ont persisté; il y avait peu de commerce de gros.
La plupart des spécialistes pensent que les réformes de Kosygin ont échoué en raison des déséquilibres persistants entre les approvisionnements réalisables et les demandes du gouvernement contrôlé par le Parti, le refus de libérer les prix et la résistance bureaucratique à tout changement radical. Mais le bricolage et les expériences se sont poursuivis jusqu'en 1982. La perestroïka allait raviver nombre des idées de base des réformes de Kosygin, avec un dénouement très différent: le chaos et l'effondrement plutôt que le renversement et la stagnation.