Le territoire du Wisconsin n'a été formé par acte du Congrès qu'en 1836. Il faisait partie du Territoire du Nord-Ouest à partir de 1787, du territoire de l'Indiana en 1800, du territoire de l'Illinois en 1809 et du territoire du Michigan en 1818. Le territoire du Wisconsin s'étendait au nord jusqu'à la frontière canado-britannique et était à l'origine délimitée à l'ouest par le fleuve Missouri, bien qu'en 1838 un acte du Congrès fît du fleuve Mississippi la frontière ouest officielle.
Plus de vingt mille Indiens d'Amérique résidaient dans la région du Wisconsin en 1768. Ils appartenaient à un certain nombre de tribus, la plus importante étant les Ojibways, les Winnebagos, les Potawatomis et les bandes fluviales Sioux de l'Ouest. Les Indiens ont échangé des fourrures avec des commerçants britanniques et français basés à Montréal, qui ont continué à dominer le commerce des fourrures même après que les États-Unis ont assumé la souveraineté par le Traité de Paris en 1783. Les États-Unis n'ont commencé à établir des usines pour réglementer le commerce des fourrures au Wisconsin que l'une fut construite sur l'île Mackinac en 1809. Les Britanniques s'emparèrent rapidement de cette usine pendant la guerre de 1812 mais l'abandonnèrent après le traité de Gand en 1814.
L'économie du commerce des fourrures dépendait de la chasse au buffle et de l'importation de denrées alimentaires pour soutenir les chasseurs et les commerçants. Les commerçants blancs se marient souvent dans des familles indiennes et s'installent dans des villages où leurs enfants métis sont connus sous le nom de Métis. Les femmes indiennes et métisses ont joué un rôle clé dans la négociation des accommodements dans cette société, ont participé aux cérémonies de cadeaux et ont largement dominé l'important processus de production de sucre d'érable.
Les Indiens Fox ont extrait du plomb dans le sud du Wisconsin au XVIIIe siècle et, en 1788, ont permis à un Canadien français, Julien Dubuque, de miner là aussi. En 1822, un agent indien américain rapporta au secrétaire à la guerre que le sud du Wisconsin possédait de grandes quantités de minerai de plomb, et le rapport fut ensuite divulgué. Plus de cinq cents mineurs du Missouri, du Kentucky et du Tennessee sont arrivés dans le sud du Wisconsin entre 1822 et 1825. En 1829, plus de quatre mille Américains européens et cent Afro-Américains étaient arrivés des États de l'Est et de l'Illinois. Les mineurs de plomb ont pénétré sur les terres indiennes sécurisées par un traité, et les Winnebagos ont commencé à faire des raids dispersés sur les colonies blanches. En 1827, un raid mené par le guerrier Winnebago Red Bird provoqua la formation rapide d'une force comptant plus de mille fantassins et cavaliers. Red Bird s'est rendu et les Winnebagos se sont distancés de ses raids. En 1829, les États-Unis conclurent un traité avec les Ojibways, les Ottawas, les Potawatomis et les Winnebagos qui aboutit à leur cession de la région minière à l'est du Mississippi.