L'affaire Fashoda de septembre 1898 était le produit de tensions de longue date entre la Grande-Bretagne et la France sur leur influence relative en Égypte. Depuis le règne de Louis XIV (1643–1715), la France avait nourri l'ambition de construire un canal à travers l'isthme de Suez, reliant la Méditerranée à la mer Rouge et raccourcissant considérablement les routes commerciales entre l'Europe et l'Asie. Ainsi, en 1858, des intérêts commerciaux français, soutenus par le gouvernement français, formèrent la Compagnie du canal de Suez. Propriété conjointe des Français et du Khédive d'Égypte, la société a achevé le canal en 1869. Au départ, le gouvernement britannique a tenté de contrecarrer le projet massif. Cependant, alors que le gouvernement égyptien contractait des dettes croissantes dans les années 1860 et 1870, la Grande-Bretagne commença à acheter des actions égyptiennes dans la Compagnie du canal de Suez, renforçant ainsi l'autorité britannique dans le pays. L'Égypte étant de plus en plus incapable de payer les intérêts de ses emprunts en cours au milieu des années 1870, les finances du pays furent placées sous contrôle anglo-français. Lorsque cette suzeraineté européenne croissante a conduit à de violents soulèvements nationalistes en 1882, la Grande-Bretagne est intervenue militairement. Un gouvernement français divisé a refusé de participer. En conséquence, les Britanniques se sont imposés comme dirigeants de facto de l'Égypte, suscitant le ressentiment de nombreux dirigeants politiques français.
Pendant les quinze années suivantes, la Grande-Bretagne a maintenu son autorité en Égypte tout en luttant pour réprimer les derviches fondamentalistes islamiques plus au sud au Soudan. La menace émanant de cette zone devint particulièrement aiguë en mars 1896, lorsque les forces éthiopiennes, assistées de conseillers français et russes, vainquirent une armée italienne à Adowa. Cela a soulevé la perspective d'une intrusion française et russe dans les territoires britanniques en Afrique de l'Est, ainsi que d'une alliance entre l'Éthiopie et des éléments musulmans fondamentalistes au Soudan. Le gouvernement britannique a envoyé le major-général Sir Horatio Herbert Kitchener (1850–1916; plus tard Earl Kitchener de Khartoum) avec un corps expéditionnaire qui a vaincu les derviches à Omdurman le 2 septembre 1898. Après avoir appris la présence d'une force française plus haut sur le Nil , Lord Kitchener remonta la rivière, rencontrant le plus petit détachement français à Fashoda le 19 septembre. Cette force, dirigée par le capitaine Jean-Baptiste Marchand, avait été envoyée aux sources du Nil pour trouver un emplacement approprié pour un barrage qui détournerait le fleuve et minerait le contrôle britannique de l'Égypte. Une impasse s'est ensuivie, les gouvernements français et britannique refusant de bouger. L'opinion publique des deux pays est devenue de plus en plus agitée. La guerre, cependant, n'a jamais été le résultat probable de la confrontation. En infériorité numérique sur le terrain au Soudan et dépassée par la marine royale en mer, la France n'a d'autre choix que de reculer et d'ordonner le retrait de la force de Marchand le 3 novembre 1898.
Fashoda a représenté un point bas dans les relations anglo-françaises à la fin du XIXe siècle. Néanmoins, il incite les deux puissances européennes à désamorcer leurs rivalités en Afrique et à signer l'Entente cordiale de 1904. Théophile Delcassé, ministre français des Affaires étrangères de 1898 à 1905, reconnaît que la France ne peut pas risquer une confrontation directe avec la Grande-Bretagne en Afrique de l'Est, notamment lorsque le principal allié de la France, la Russie, n'était pas disposé à apporter son aide. Ainsi, en mars 1899, la France a signé une convention qui renonçait effectivement à ses prétentions sur le haut Nil. Selon le document, les sphères d'influence britannique et française dans la région seraient marquées respectivement par les bassins versants du Nil et du Congo. La volonté de la France de concéder l'influence britannique sur le Nil a encouragé les Britanniques à soutenir les revendications françaises ailleurs en Afrique.
Les inquiétudes croissantes concernant la politique étrangère allemande agressive et l'expansion de la marine allemande ont renforcé le désir de la Grande-Bretagne d'aplanir les différends avec les Français, d'autant plus que la France pourrait également faciliter de meilleures relations entre la Grande-Bretagne et la Russie. La Grande-Bretagne a progressivement abandonné sa politique d'encouragement à l'indépendance du Maroc. Le 8 avril 1904, les deux pays signent une série d'accords dans lesquels la France reconnaît l'influence britannique sur l'Égypte. Les affaires financières de l'Égypte étant restées sous la direction d'un comité international comprenant un représentant français, cette concession était cruciale pour permettre à la Grande-Bretagne de consolider son contrôle sur le pays. Les Britanniques ont rendu la pareille en reconnaissant l'influence française sur le Maroc. L'Entente Cordiale, comme les accords étaient connus, leva les ambiguïtés dans les deux principales régions d'Afrique où l'influence européenne était encore contestée. Dans le processus, il a aidé à mettre fin à la «ruée vers l'Afrique» qui avait régné parmi les puissances européennes depuis la conférence de Berlin de 1884–1885. Ainsi, de nombreux historiens voient dans l'affaire Fashoda un tournant dans les relations anglo-françaises. L'impasse au Soudan a mis en évidence la rivalité anglo-française en Afrique, permettant à la Grande-Bretagne et à la France de négocier des solutions à des différends spécifiques et de développer des relations plus étroites dans le processus.