Souvent appelé le Conseil des ministres, cet organe a été convoqué par Alexandre II en 1857 pour coordonner les propositions législatives des différents ministres. Il était présidé par le tsar lui-même et se réunissait irrégulièrement par la suite pour examiner diverses «grandes réformes» d'Alexandre II. En 1881, il lui soumet le plan du comte Loris-Melikov pour un gouvernement semi-constitutionnel, mais les révolutionnaires assassinent le tsar avant que des mesures ne puissent être prises. Son successeur, Alexandre III, déterminé à rétablir un régime autocratique complet, n'a pas convoqué le conseil et il n'a joué aucun rôle significatif dans les premières années du règne de Nicolas II.
Au début de la Révolution de 1905, les réformateurs persuadèrent Nicolas II de relancer le Conseil des ministres. De février à août 1905, il a travaillé sur divers projets de changement administratif et constitutionnel. Le 19 octobre, deux jours après la publication du Manifeste d'octobre, un décret impérial institua un Conseil des ministres très remanié, structuré selon les recommandations du comte Sergei Witte, principal architecte du manifeste et des réformes qui l'accompagnaient. Le tsar a conservé le droit de nommer les ministres de la guerre, de la marine, des affaires étrangères et de la cour impériale, mais un nouveau président du conseil a nommé, sous réserve de l'approbation du tsar, les ministres restants et a été habilité à coordonner et superviser les activités de tous les ministères. . Le conseil réorganisé devait se réunir régulièrement et examiner toutes les propositions législatives avant leur soumission à la Douma proposée. Bien qu'il ressemble à un cabinet de style occidental à certains égards, le nouveau Conseil des ministres n'est pas responsable devant l'organe législatif sur le point d'être formé et reste fortement dépendant du soutien du tsar.
De plus, le comte Witte, en tant que président du conseil ou Premier ministre, n'a pas été en mesure de mettre pleinement en œuvre la nouvelle structure. Plusieurs ministres ont continué de rendre compte directement au tsar. Néanmoins, le conseil survécut à la destitution de Witte par Nicolas II au printemps 1906, et son pouvoir fut bientôt élargi pour inclure l'examen de la législation lorsque la Douma n'était pas en session. Le Conseil des ministres est resté l'organe exécutif principal sous le tsar jusqu'à son renversement lors de la révolution de février 1917.