Hiérarchie des classes sociales. Bien que les Mongols aient établi la domination de la dynastie Yuan sur toute la Chine, leur conquête ne s'est pas terminée sans difficulté. Les Chinois du nord et du sud de la Chine ont organisé des mouvements de résistance contre le contrôle mongol et ont employé la guérilla, ou des individus ont refusé de collaborer avec leurs conquérants. Face à l'hostilité des Chinois, les dirigeants mongols ont employé une politique de discrimination ethnique en mettant en place une hiérarchie strictement imposée de classes sociales, ordonnées par ordre d'importance décroissante: des Mongols, semu ren (Asiatiques occidentaux et centraux), interdire ren (nord de la Chine), au nan ren (chinois du sud). Pendant la période Yuan, de nombreux étrangers, en particulier des musulmans d'Asie centrale et occidentale, étaient employés par la cour mongole comme conseillers, fonctionnaires civils, officiers militaires, gestionnaires financiers, tuteurs, traducteurs, médecins, astronomes et artisans qualifiés. Ces étrangers non chinois, ou semu ren, étaient classés deuxième dans la société. Les Chinois du nord de la Chine, puisqu'ils avaient capitulé plus tôt et étaient donc plus habitués à la domination mongole, étaient classés en dessous des collaborateurs non chinois, mais au-dessus des citoyens du sud de la Chine, qui étaient les plus rebelles face à leurs nouveaux dirigeants. Cette politique discriminatoire rigide a fait des Mongols et des étrangers non chinois les classes dirigeantes par rapport aux Chinois. Cette pratique servait au moins deux objectifs. Premièrement, cela a permis aux Mongols et aux étrangers d'extorquer des ressources à la Chine. Deuxièmement, il visait à nuire psychologiquement à la fierté nationale du peuple chinois. En outre, les Mongols ont utilisé l'ancienne technique de domination du «diviser pour régner» en faisant la distinction entre les Chinois du Nord et du Sud. Cette discrimination raciale et ethnique délibérée, combinée au despotisme chinois traditionnel, a fait de la dynastie Yuan l'âge le plus sombre de l'histoire impériale chinoise.
Chercheurs confucéens. Alors que le tribunal de Yuan pratiquait la discrimination raciale et l'oppression de classe, il tentait également d'atténuer l'hostilité des Chinois, en particulier de la part des savants confucéens. Kublai Khan a émis des ordres pour protéger les temples confucéens et il a rétabli le confucianisme en tant que philosophie officielle. Il a également exempté les érudits confucéens de l'impôt et les a encouragés à siéger à sa cour. Dans l'ensemble, cependant, les universitaires chinois n'étaient en grande partie utilisés que comme commis bureaucratiques et rares étaient ceux qui accédaient à des postes importants. Les dirigeants mongols ont aboli la fonction publique
système d'examen et ne le relança qu'en 1315. Les savants confucéens en voulaient aussi aux Mongols pour leur patronage des religions étrangères. Les églises nestoriennes et les mosquées islamiques - ainsi que divers temples bouddhistes, taoïstes et confucéens - étaient exonérés d'impôt. L'épanouissement de diverses religions était clairement une réaction contre l'école Song du néo-confucianisme.