Schéma impérial. Peu de temps après avoir démissionné de la vice-présidence en 1805, Aaron Burr a commencé un voyage à travers l'Ouest. Après son départ, le président Thomas Jefferson a reçu un avertissement anonyme selon lequel Burr «méditait le renversement de votre administration», «conspirait contre l'État» et agissait en tant qu'agent de la Grande-Bretagne. D'autres rumeurs d'instabilité politique en Occident ont ajouté aux soupçons entourant les activités de Burr. Des sources fiables ont rapporté que Burr recrutait activement des hommes pour une armée et des officiers pour les diriger dans un effort pour séparer les territoires occidentaux des États-Unis. Combiné avec des territoires à prendre à l'Espagne, il a été allégué que Burr avait l'intention de créer un nouvel empire en Occident.
La Conspiration. L'un des alliés de Burr était le général James Wilkinson, gouverneur de la Haute-Louisiane. Wilkinson était connu pour être corrompu, mais peu de gens à l'époque le considéraient comme capable de trahison. (On a découvert plus tard qu'il avait été un agent rémunéré des Espagnols.) Identifié comme suspect dès le début, Wilkinson est devenu convaincu que le plan était condamné. Le général a trahi son prétendu coconspirateur en envoyant des lettres incriminantes directement à Jefferson. Les journaux décrivaient les mouvements prévus de milliers d'hommes armés à travers l'Ohio, le Kentucky et le Mississippi, qui seraient tous sous la direction de Burr. Tentant d'éloigner les soupçons de lui-même, Wilkinson a affirmé son ignorance: «Je ne suis pas seulement mal informé du moteur et des objets ultimes de cette entreprise audacieuse, mais je ne connais pas les fondements sur lesquels elle repose. Il a néanmoins émis l'hypothèse que ces activités étaient probablement liées à des rumeurs de révolte dans le territoire d'Orléans et faisaient partie d'un plan d'envahissement et de prise de certaines parties du Mexique.
L'arrestation. Jefferson a répondu en donnant des instructions aux commandants militaires et aux autorités civiles de l'Ouest, leur ordonnant de surveiller toute preuve d'activités suspectes. En janvier 1807, le président informa le Sénat et la Chambre des représentants de ce qu'il appela «une combinaison illégale de particuliers contre les
paix et sécurité de l'Union, et une expédition militaire planifiée par eux contre les territoires d'une puissance [l'Espagne] en amitié avec les États-Unis. Jefferson a nommé Burr comme le chef et a ajouté que sa «culpabilité est… incontestable». Burr était dans le territoire du Mississippi quand il a appris que Wilkinson l'avait trahi et que des ordres avaient été donnés pour son arrestation. Il se rendit rapidement aux autorités locales, mais la Cour suprême territoriale était composée de fédéralistes sympathiques. Les juges ont décidé de ne pas inculper Burr, mais ils se sont divisés sur les conditions de son arrestation. Au cours de ces délibérations, Burr s'est enfui mais a été rapidement capturé, arrêté et emmené à Richmond, en Virginie, où le procès serait entendu par John Marshall, juge en chef de la Cour suprême.
Jefferson et la Cour. Tout en organisant sa défense, Burr a demandé au tribunal d'assigner Jefferson, ce qui aurait obligé le président à la fois à comparaître en personne et à fournir des documents que le défendeur avait insisté pour être essentiels à son affaire. Jefferson a répondu que, «indépendamment de toute autre autorité», c'était le droit du président de décider «quels papiers lui reviennent en tant que président, l'intérêt public permet d'être communiqué [et] à qui». Le président pensait à ce stade qu'il avait mis à disposition tous les documents et la correspondance relatifs à l'affaire. Jefferson n'était pas obstructionniste, mais il était profondément préoccupé par l'indépendance de l'exécutif et cherchait à la maintenir. Il ne viendrait pas à Richmond pour témoigner parce que cela établirait un précédent important et indésirable et obligerait à un moment donné le directeur général à assister à des procès en Ohio ou dans le territoire du Mississippi. Deuxièmement, Jefferson a demandé: «L'exécutif serait-il indépendant du pouvoir judiciaire s'il était soumis au commandes de ce dernier, et à l’emprisonnement pour désobéissance? La principale préoccupation du président était de maintenir la règle de la Constitution qui garantissait l'indépendance de l'exécutif par rapport à la branche judiciaire du gouvernement.
Le procès. Un toast donné au moment du procès représentait, en général, l'inimitié du public envers Burr: «Aaron Burr - que sa trahison envers son pays l'exhale sur l'échafaud, et le chanvre soit son escorte vers la république de la poussière et des cendres. Au tribunal, l'ancien vice-président a été jugé pour deux chefs d'accusation: premièrement, trahison pour avoir prétendument «rassemblé une force armée» afin de prendre la Nouvelle-Orléans et «séparer l'ouest des États de l'Atlantique», et deuxièmement, «un grand délit» pour envoi une expédition militaire contre des territoires appartenant à l'Espagne. Les avocats de Burr ont soutenu que le défendeur n'avait commis aucun acte de trahison. L'affaire portait sur la question de savoir si une simple intention - en l'absence d'action manifeste - était suffisante pour condamner un homme du crime de haute trahison. L'accusation a appuyé le poids de sa cause sur le rôle que Burr a joué dans l'organisation d'une réunion d'hommes armés et de traîtres présumés dans l'Ohio en 1806. Ils ont insisté sur le fait que bien qu'il n'était pas présent, Burr était un agent principal dans la réunion de la réunion et que cela devrait suffire à le condamner. La défense a répliqué avec un argument vigoureux selon lequel à moins qu'un acte de guerre n'ait été commis - et tous ont convenu qu'il ne l'avait pas fait - le dossier de l'accusation devrait échouer et Burr devrait être libéré.
Décision de Marshall. L'opinion de Marshall fut rendue le 31 août 1807. Elle couvrait quarante-quatre pages imprimées et prenait trois heures à lire. Sa longueur et son ampleur indiquaient un objectif qui transcendait spécifiquement Burr puisque Marshall cherchait à définir le sens de la trahison. Marshall s'est rangé du côté de la défense concernant le rassemblement de conspirateurs et de traîtres présumés. Il a déclaré que l'Accusation n'avait pas fourni un nombre suffisant de témoins pour étayer sa thèse. Plus significative était la définition étroite que Marshall appliquait à l'accusation de trahison, une interprétation qui rendrait la poursuite de ce crime une tâche difficile par la suite. La trahison n'exigeait pas que l'accusé prenne les armes, mais le juge en chef a insisté sur le fait que le simple fait de suggérer la guerre ou de s'engager dans un complot ne suffisait pas pour exiger une condamnation. Les personnes accusées du crime, a déclaré Marshall, doivent avoir commis un acte de participation manifeste et prouvable. Il a conclu que l'accusation n'avait pas fourni une telle preuve dans l'affaire Burr. Le jury a délibéré pendant moins d'une demi-heure, puis a annoncé qu'il avait déclaré l'accusé non coupable. Jefferson a répondu avec colère au verdict et a suggéré qu'il était «équivalent à une proclamation d'impunité à toute combinaison traîtresse qui pourrait être formée pour détruire l'Union». Homme libre, Burr a passé les cinq années suivantes en Europe. Il retourna aux États-Unis en 1812, pratiquant le droit et s'engageant dans divers projets commerciaux jusqu'à sa mort en 1836.