Chevauchement d'autorité. Plus que les premières colonies anglaises, les colonies espagnoles étaient étroitement liées à l'armée, à une bureaucratie impériale et à l'Église. La bureaucratie impériale avait trois composantes: le bureau du vice-roi, chargé des affaires civiles et militaires et les gouverneurs locaux; la public, ou des cours d’appel; et l'épiscopat, ou église. Leurs pouvoirs se chevauchaient et, en théorie, ils travaillaient à se compléter. Dans la pratique, cependant, des différends surgissent fréquemment au sujet de l'autorité.
Théorie sous-jacente. La confusion juridictionnelle était en partie intentionnelle. Le gouvernement espagnol savait que si l'autorité de ces groupes se chevauchaient, ils se contrôleraient et aucun ne deviendrait trop puissant. Mais une autre raison était que les agences reflétaient la monarchie espagnole elle-même. Le monarque était considéré à la fois comme roi et vicaire du Christ, avec une autorité séculière et spirituelle. En ce sens aussi bien l'Église que les autorités séculières pouvaient prétendre être les émissaires du roi. La possession espagnole du Nouveau-Mexique (actuel sud-ouest des États-Unis) illustre ce schéma. Les frères franciscains ont emménagé au Nouveau-Mexique en 1581. Leurs rapports positifs ont incité le roi à décerner un capitulation (charte) à Don juán de Oñate en 1595 pour conquérir la région pour la colonisation espagnole, ce qu'il fit en 1598. Dans les années qui suivirent, les franciscains avaient le dessus, mais ils comptaient certes sur la puissance militaire pour soutenir leur spiritualité. influence avec le peuple. Le résultat fut presque un état théocratique jusqu'à ce que la révolte de Pueblo de 1680 mette fin temporairement à l'autorité civile et religieuse espagnole dans la région. Même après la réaffirmation de la domination espagnole dans les années 1690, les lignes d'autorité ont souvent été franchies.
Colis. Un autre trait distinctif de la colonisation espagnole était le confier. Une encomienda donnait droit à son bénéficiaire non seulement à l'utilisation de la terre, mais aussi au tribut (paiements) des habitants, tout comme on pouvait le recevoir sur un domaine féodal dans l'Europe médiévale. Les premières encomiendas n'avaient pas été réglementées, mais les lois de Burgos (1504) avaient imposé des restrictions, y compris une interdiction d'asservir les Indiens. Dans les années 1540, sous l'influence de Bartolomeo de las Casas, le roi Charles Quint a tenté de réduire considérablement et même de mettre fin aux encomiendas par les nouvelles lois. Celles-ci ont été abrogées seulement quelques années plus tard, mais de nombreuses restrictions ont survécu. La charte de 1595 de Don Juan de Oñate lui a permis de décerner des encomiendas à ceux qui ont conquis le Nouveau-Mexique. Les Encomiendas pourraient être héritées jusqu'à deux générations, mais les ranchs encomenderos (les propriétaires) créés pourraient être hérités indéfiniment et sont devenus la base de nombreux grands domaines dans le sud-ouest américain. Gouverneurs et leurs subordonnés régionaux, les maires, souvent peu incités à appliquer la loi espagnole. En conséquence, il n'était pas rare que les encomenderos obligent également les Indiens, comme les Pueblos, à travailler.
Droit romain. Un troisième aspect distinctif de la colonisation espagnole était l'influence du droit romain. Comme d'autres nations continentales, l'Espagne avait incorporé de nombreux statuts romains au cours des XVIe et XVIIe siècles, qui à leur tour ont influencé le droit colonial espagnol. Certains chercheurs pensent que l'influence des lois romaines a rendu l'esclavage moins sévère en Amérique espagnole qu'en Amérique anglaise. De même, d'autres notent que les femmes espagnoles des colonies jouissent d'une plus grande autonomie juridique.