Entre les XVIe et XVIIIe siècles, des sociétés commerciales européennes du Portugal, de la République néerlandaise, d'Angleterre, du Danemark, de France, de Suède et des Pays-Bas autrichiens ont fondé de nombreuses usines commerciales dans les villes portuaires d'Asie. Ces colonies variaient dans leur forme, allant de simples bureaux d'affaires à de fortes fortifications, mais avaient en commun leur fonction centrale: fournir un accès, autant que possible privilégié, aux marchés de produits locaux. En outre, les usines fonctionnaient comme des centres d'approvisionnement et assuraient une protection militaire. En conséquence, ils étaient dotés de personnel administratif, commercial et militaire. Répartis sur l'ensemble de l'Asie du Sud et du Sud-Est et organisés hiérarchiquement, ils ont constitué l'épine dorsale des réseaux commerciaux européens en Asie.
L'expansion de l'Europe en Asie au début de la période moderne n'a jamais recherché le type de colonialisme connu à la fin du XIXe et au début du XXe siècle: le profit commercial plutôt que l'expansion territoriale était l'objectif central des sociétés à charte. Parce que l'Asie était caractérisée par des systèmes étatiques établis, la plupart des usines européennes ne pouvaient fonctionner qu'avec la permission et la protection des dirigeants locaux. Ce n'est que dans quelques cas exceptionnels que les entreprises ont pu prendre le contrôle des villes portuaires. En règle générale, les négociations d'accords commerciaux entre les représentants européens et les autorités locales constituaient une première étape essentielle. Les accords autorisaient les implantations et les usines européennes et réglementaient l'organisation commerciale locale. Les résultats des négociations variaient selon la situation locale. De puissants dirigeants locaux ont pu dicter les conditions, refuser les privilèges et déterminer l'emplacement d'une nouvelle usine. Certains dirigeants locaux ont autorisé plusieurs usines concurrentes sous leur contrôle (par exemple, à Bantam et Makassar), mais ils étaient surtout intéressés par des contacts commerciaux fiables à long terme grâce à un accord privilégié avec un seul partenaire européen. Dans les endroits où les dirigeants autochtones étaient faibles ou la présence militaire européenne était forte, les Européens étaient en mesure de forcer les dirigeants locaux à accepter des contrats inégaux. Dans ces cas, l'usine est restée nominalement sous la protection du souverain, mais est devenue l'autorité réelle (comme, par exemple, sur les Moluques).
Au XVIe siècle, les Portugais ont construit le premier réseau d'usines européen, avec son centre à Goa et d'importantes usines secondaires à Diu, Malacca et Macao. Au cours du XVIIe siècle, à quelques exceptions près (Goa, Macao, Timor), les Portugais ont été remplacés par des sociétés commerciales néerlandaises et anglaises, à savoir la Dutch Verenigde Oost-Indische Compagnie (VOC) et la English East India Company (EIC) . Le cœur du système d'usine néerlandais était Batavia, qui en 1621 devint la résidence du gouverneur général. Au niveau suivant de la hiérarchie des COV, les résidences fortifiées des gouverneurs (à Ambon, Banda, Ternate, Makassar, Malacca, Semarang, Cochin et Colombo) ont assuré une forte position néerlandaise. Les usines moins importantes étaient dirigées par des directeurs (exclusivement une position économique dans le système néerlandais) ou de simples résidents qui dirigeaient de petites colonies sans importance militaire.
Les premières tentatives anglaises pour établir l'EIC en Indonésie ont échoué en raison de la concurrence des Néerlandais. Le premier centre de l'EIC, à Bantam, a été perdu dès 1682, et les usines des Moluques un peu plus tôt. Seules quelques usines périphériques subsistent (Bencoolen à Sumatra, Balambangan au nord de Bornéo). L'objectif principal de l'EIC s'est déplacé vers le sous-continent indien, où des résidences à Madras, Calcutta, Bombay et Pondichéry ont été établies.
En raison de la domination du COV en Indonésie et de la puissance des empereurs chinois et japonais, le plus grand nombre d'usines d'Asie existait en Inde. Ici, les petits empires commerciaux européens ont établi des réseaux limités - comme avec la France (dont le siège est à Pondichéry) ou le Danemark (dont le siège est à Tranquebar) - ou ont dû se contenter d'usines isolées, comme avec la Suède ou les Pays-Bas autrichiens (la société d'Ostende).
En théorie, les usines sont passées par cinq stades de développement (voir Rothermund, 1981). Au départ, une usine obtenait des marchandises pour une entreprise en achetant tout ce qu'elle trouvait sur le marché local. Dans sa deuxième étape de développement, une usine se concentrerait sur des articles spécifiques qu'elle voulait de la population locale; il produirait des échantillons pour démontrer ses désirs et utiliserait les paiements d'abonnement pour encourager une production ciblée. Dans sa troisième étape, il commencerait à financer les commandes à l'avance, ce qui permettait à l'entreprise de mettre en œuvre la normalisation et le contrôle de la qualité. Ensuite, il a commencé à intervenir dans le processus de production, afin de l'accélérer et ainsi augmenter la quantité d'exportations. Enfin, il a repris l'organisation de la production en instituant un système de sortie, dans lequel les travailleurs fabriquaient des marchandises à domicile sous la supervision de l'entreprise et en utilisant des outils fournis par l'entreprise. Ce modèle correspond le mieux au commerce du textile en Inde, où ces étapes de développement ont finalement conduit au système économique dans lequel l'Inde est devenue une colonie de la Couronne britannique. Ainsi, les usines représentaient le noyau du colonialisme territorial ultérieur. Contrairement à l'Inde, les colonies basées sur le commerce des épices terminent normalement leur développement à la troisième étape, comme ce fut le cas avec la plupart des usines hollandaises de l'archipel malais.
Les remarques ci-dessus aident à expliquer l'importance des usines pour le développement colonial ultérieur, mais elles ne couvrent pas tout le spectre. En fonction de la fonction d'une usine particulière dans le système d'une entreprise et du niveau d'influence que les représentants européens ont pu exercer dans certaines communautés locales, des développements divergents étaient également possibles. En outre, les différences dans les stratégies et les objectifs poursuivis par les entreprises confrontées à des conditions locales différentes ont produit des résultats variables. Ainsi, l'implantation d'usines pourrait conduire à des politiques agressives, comme à Makassar où le VOC, après avoir d'abord tenté de contrôler le marché des épices en offrant les prix les plus élevés, a ensuite conquis le port pour éliminer la concurrence locale. L'établissement ultérieur d'une usine fortifiée sous un gouverneur a solidifié la nouvelle fonction de l'usine. Ainsi, l'influence économique et politique des usines européennes varie en fonction des conditions locales et des stratégies européennes. Leur influence culturelle est cependant restée minime, car les usines ont toujours été avant tout un instrument clé de l'expansionnisme mercantile moderne.