Le Judiciary Act de 1801, communément appelé le «Midnight Judges 'Act», a été adopté à un moment donné après les victoires électorales des républicains en 1800, mais avant que les Jeffersonians ne prennent leurs fonctions. Les historiens la considèrent traditionnellement comme une tentative des fédéralistes sortants de sécuriser le pouvoir judiciaire, car ils ont perdu le contrôle des branches exécutive et législative du gouvernement. La loi a créé seize nouveaux postes de juge fédéral, chacun étant pourvu d'un membre fédéraliste. Ces juges devaient être membres de tribunaux de circuit nouvellement constitués, qui devaient se voir attribuer une compétence élargie pour traiter des affaires relevant de «la Constitution et des lois des États-Unis». Les tribunaux itinérants existaient avant l'adoption de la loi de 1801, mais avec une compétence plus étroite et sans juges spécialement nommés. Les fédéralistes ont soutenu que leur loi était non partisane, car il y avait un besoin objectif d'élargir la compétence fédérale et de créer des tribunaux de circuit spécialement constitués, avec leurs propres juges. Leur argumentation avait un certain mérite, car les dossiers des tribunaux de circuit étaient bondés et puisque, le plus souvent, il était difficile, voire impossible, de faire siéger plus d'un juge avec un juge de tribunal de district.
La pratique en vertu du Judiciary Act de 1789 était que deux juges de la Cour suprême des États-Unis siègent dans les tribunaux de circuit avec un juge de tribunal de district local. Cependant, le circuit équestre, comme on l'appelait, s'est avéré onéreux, compte tenu de la fragilité des juges de la Cour suprême et de l'état précaire du transport terrestre dans le pays. Depuis le début, les juges avaient en vain plaidé pour la fin de la pratique. Au moins un juge, James Iredell de Caroline du Nord, est censé être allé dans une tombe précoce, mourant à l'âge de quarante-huit ans, épuisé par la pratique. Deux ans après la mort d'Iredell, la loi de 1801 abolit le circuit équestre pour les juges. Néanmoins, puisque les Jeffersoniens entrants considéraient la nomination de juges fédéralistes comme un anathème, parce qu'ils pensaient que le système de circonscription avait du mérite car il maintenait les juges de la Cour suprême en contact plus étroit avec le peuple, et comme ils préféraient l'État à la Cour fédérale juridiction, en tant que premier acte législatif, les Jeffersoniens en 1802 ont utilisé leur nouvelle majorité au Congrès pour abroger la loi de 1801. Ils ont ainsi rétabli la circonscription, restreint la compétence fédérale et aboli les tribunaux de circuit autonomes créés par la loi de 1801.
La Constitution ne prévoit aucun moyen de révoquer les juges fédéraux autrement que par mise en accusation pour trahison, corruption ou autres crimes et délits graves. L'article III conférait le pouvoir judiciaire «à une Cour suprême et à des tribunaux inférieurs que le Congrès pouvait de temps en temps ordonner et établir», et les Jeffersoniens interprètent cette disposition comme leur donnant le pouvoir d'abolir et de créer des tribunaux fédéraux. Ils ont fait valoir, en d'autres termes, qu'ils ne révoquaient pas des juges, seulement des tribunaux, mais que les seize nouveaux juges de circuit fédéralistes étaient toujours au chômage. De nombreux fédéralistes et au moins un juge de la Cour suprême, Samuel Chase, considéraient l'abrogation de la loi de 1801 comme une révocation inconstitutionnelle des juges sans bénéficier d'une mise en accusation; il a écrit au juge en chef John Marshall que la Cour suprême devrait faire cette déclaration. Les termes constitutionnels étaient certes ambigus, mais comme seule une majorité simple était requise dans les deux chambres du Congrès pour abolir les tribunaux, et une majorité expresse des deux tiers du Sénat pour révoquer les juges par mise en accusation, il semblerait que Chase et les fédéralistes aient le meilleur argument.
Afin d'éviter immédiatement une décision défavorable de la Cour suprême concernant la loi sur la justice de 1802, les républicains ont reporté le prochain mandat de la Cour à février 1803. Ce terme a vu John Marshall faire une puissante déclaration soutenant le pouvoir de contrôle judiciaire des actes du Congrès et de l'exécutif en Marbury c. Madison (1803). Dans cette affaire, il déclara que les Jeffersoniens avaient à tort omis de remettre une commission à une personne nommée par les fédéralistes conformément à une loi, adoptée en même temps que la loi de 1801, créant plusieurs nouveaux juges de paix fédéralistes. Mais comme Marshall déclara inconstitutionnelle une disposition de l'acte judiciaire de 1789 qui donnait à la Cour suprême la compétence d'émettre un mandamus obligeant à l'octroi de la commission, il déclara qu'il n'avait pas le pouvoir d'agir, évitant ainsi une bataille avec les Jeffersoniens et signalant que le Il est peu probable que la Cour annule l'abrogation de la loi de 1801. Lorsque la Cour a eu l'occasion de se prononcer directement sur la question, Stuart c.Laird (1803), la Cour, comme prévu, a confirmé la loi d'abrogation. Les restrictions à la compétence fédérale sont restées en vigueur bien après la guerre civile et, par conséquent, les tribunaux fédéraux inférieurs n'étaient pas particulièrement importants pour le développement de la nation pendant de nombreuses années.