Vers 1889, un saint homme de la tribu Paiute a eu une vision lors d'une éclipse solaire totale, au cours de laquelle la lune passe entre la terre et le soleil, bloquant le soleil de la vue. Le résultat de sa vision était une religion appelée la danse fantôme. Il comprenait une danse réelle dans laquelle les danseurs pouvaient mourir pendant un moment pour avoir un bref aperçu du paradis qui les attendait. Une partie de la danse fantôme impliquait le port d'une chemise spécialement conçue pour protéger le porteur des balles ennemies. Toutes les réserves sioux pratiquaient cette nouvelle religion. Un Lakota, Kicking Bear (vers 1852–1904), et son beau-frère, Short Bull (vers 1845–1915), se rendirent au Nevada pour en apprendre davantage sur la danse des fantômes. Kicking Bear a ensuite visité le grand Sitting Bull (1831–1890) en octobre 1890 pour lui dire ce qu'il avait appris. Sitting Bull était un chef Lakota très respecté dont les visions de la défaite du général George Armstrong Custer (1839–1876) et de sa propre mort se réalisèrent. Sitting Bull a exprimé des doutes sur le fait que les morts seraient ramenés à la vie, mais il n'avait aucune objection à permettre à son peuple de danser la danse fantôme.
Les agents indiens, cependant, avaient déjà fait part au gouvernement fédéral de leurs craintes quant à la force et à l'influence du mouvement Ghost Dance. Maintenant, leurs craintes se sont intensifiées, car ils pensaient que Sitting Bull rejoindrait les Ghost Dancers. Pour éviter que cela ne se produise, quarante-trois policiers Lakota ont été envoyés pour retirer Sitting Bull de son domicile à Standing Rock, Dakota du Sud . Ils sont entrés dans sa cabine le 15 décembre et ont réveillé le chef endormi. Il a accepté de venir avec la police et a demandé que son cheval soit sellé pendant qu'il s'habillait. Pendant ce temps, un grand groupe de danseurs fantômes s'est rassemblé à l'extérieur de la cabine et, lorsque Sitting Bull et la police sont sortis, l'un des danseurs a tiré sur le lieutenant Henry Bull Head. Bull Head a tiré son arme et a tiré sur le danseur, mais a accidentellement tiré sur Sitting Bull à la place. Un autre policier a ensuite tué Sitting Bull d'une balle dans la tête. Avant la fin de la matinée, six policiers et sept guerriers étaient morts.
La danse fantôme a été officiellement interdite sur les réserves de Lakota, mais les danseurs ont continué leurs rituels. De nombreux membres de la tribu de Sitting Bull avaient fui pour trouver la sécurité avec une autre tribu Lakota dirigée par le chef Big Foot (vers 1820–1890). Voulant éviter de nouvelles violences, Big Foot a conduit son peuple et les nouveaux arrivants plus au sud vers la réserve de Pine Ridge, dans le Dakota du Sud.
Ce que Big Foot ne savait pas, c'est que les autorités avaient déjà ordonné son arrestation. Le grand chef était tombé malade et devenait de plus en plus faible avec chaque heure que la pneumonie s'installe. Il n'avait aucune intention de se battre et battait le drapeau blanc (symbole de trêve ou de paix) quand il fit installer son camp pour la nuit près de Wounded Knee Creek le 28 décembre 1890. Alors qu'ils s'endormaient, les troupes de la septième cavalerie les encerclèrent de tous côtés.
Les soldats sont entrés dans le camp le lendemain matin et ont demandé aux Amérindiens de remettre toutes leurs armes. L'un des guerriers amérindiens, Black Coyote, était sourd; il ne comprenait pas ce qui se passait et ne voulait pas abandonner son arme. Un soldat a tenté de le désarmer et l'arme à feu s'est déchargée. Le chaos s'est immédiatement installé, alors que les Amérindiens se sont mis à l'abri et que les soldats ont commencé à leur tirer dessus pour essayer de contrôler le désordre. Big Foot a été parmi les premiers tués et son cadavre est resté dans la neige pendant trois jours avant d'être jeté dans une fosse commune.
Le massacre a duré moins d'une heure. Bien que les comptes diffèrent quant au nombre d'Amérindiens tués, allant de 150 à 400, la plupart sont d'accord sur le chiffre de 300, la majorité des femmes et des enfants. Vingt-cinq soldats étaient morts, trente-neuf autres blessés.
Des cadavres de femmes et d'enfants ont été retrouvés dispersés aussi loin que trois milles du camp. Le jour de l'an 1891, les soldats ont creusé une fosse et y ont entassé les corps qu'ils pouvaient trouver. Des proches avaient déjà enlevé d'autres corps. Certains soldats ont gardé des souvenirs du massacre, des articles tels que des chemises Ghost Dance qu'ils pourraient vendre plus tard comme des «reliques» du mouvement Ghost Dance.
En raison de ses actions à Wounded Knee, l'homme qui a ordonné le massacre, le colonel James Forsyth (1834-1906), a été démis de ses fonctions. Son officier supérieur était dégoûté que Forsyth ait approuvé les meurtres brutaux de femmes et d'enfants innocents. On a également découvert que de nombreux guerriers Lakota n'étaient pas armés. Forsyth n'a pas vu l'erreur de ses manières et a plutôt rédigé un rapport louant ses troupes pour leur courage face au «fanatisme religieux». Forsyth a ensuite été réintégré à ses fonctions et a même atteint le grade de général de division. Le gouvernement a en outre insulté la communauté amérindienne en décernant à trois officiers et à quinze soldats la médaille d'honneur pour leur conduite à Wounded Knee.
Bien que les combats entre les Amérindiens et les Blancs se soient poursuivis occasionnellement tout au long de janvier, le massacre de Wounded Knee est généralement considéré comme la fin de la guerre. Guerres indiennes des plaines ainsi que la fin de la frontière américaine.