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Alors qu'une grande partie de la littérature et de la documentation historique des croisades se concentre sur le conflit entre chrétiens et musulmans, il y avait d'autres événements, points de vue et perspectives de cette époque qui sont d'égale importance. Les adeptes de la religion juive, en Europe et au Moyen-Orient, étaient à bien des égards pris entre les parties en guerre. Opprimés pendant des siècles à cause de leur rôle supposé dans la mort de Jésus-Christ, les juifs ont traversé partout une période difficile, mais leur situation en Europe était généralement pire qu'elle ne l'était au Moyen-Orient. Souvent séparés, ou séparés, dans des ghettos loin des chrétiens des villes européennes (et parfois aussi des musulmans du Moyen-Orient), les Juifs d'Europe n'étaient généralement pas autorisés à posséder des biens, étaient limités à certaines professions spécifiées et étaient forcés de porter une marque d'identification ou un badge pour les distinguer des chrétiens. De peuple essentiellement agricole, ils ont été contraints de vivre dans des villes d'Europe où les professions de prêt et de commerce étaient les seules ouvertes à eux.
Pendant les croisades, la position des juifs en Europe était particulièrement dangereuse, car la haine traditionnelle bouillonnait sous forme de pogroms, ou de massacres de juifs par des croisés en route pour combattre les infidèles, c'est-à-dire les gens du Moyen-Orient qui ne croyait pas au Dieu chrétien. Au Moyen-Orient, les choses allaient souvent mieux pour les adeptes de la foi juive. En général, à l'époque médiévale, les Juifs étaient plus intégrés, ou mélangés, à la vie normale au Moyen-Orient qu'en Europe. Bien que le livre saint islamique, le Coran (ou Coran) appelle les "enfants d'Israël" non croyants, il déclare également que les Juifs devraient être autorisés à vivre en paix. Les Juifs d'Europe et du Moyen-Orient n'ont pas pris part au grand conflit croisé entre l'Orient et l'Occident, mais ils y ont souvent été pris au piège, tout comme les Juifs de Jérusalem, qui ont été massacrés avec tous les musulmans lorsque la ville est tombée à les soldats chrétiens en 1099 lors de la première croisade.
Les histoires des croisades ont souvent présenté la question du point de vue chrétien, négligeant celui des musulmans et excluant également d'autres événements dans le monde musulman au cours des deux siècles de guerre religieuse avec l'Occident. Le monde islamique avait une haute culture à l'époque des croisades. Tant dans les arts que dans les sciences, les poètes et les érudits musulmans ont contribué au développement d'une civilisation qui était à bien des égards supérieure à celle des royaumes chrétiens d'Occident en même temps. Les musulmans étaient particulièrement forts dans des domaines tels que les mathématiques, la médecine et l'astronomie et regardaient donc les envahisseurs européens, dont la plupart n'étaient pas éduqués, avec un œil parfois humoristique et peu flatteur.
Les croisés n'étaient pas les seuls ennemis auxquels les musulmans étaient confrontés au Moyen Âge. Hors d'Asie centrale, les Mongols ont fait irruption au Moyen-Orient aux XIIe et XIIIe siècles. Ces guerriers séminomades, dirigés d'abord par le tristement célèbre Gengis Khan et plus tard par ses fils et d'autres parents, détruisirent des villes entières, tuant tous ceux qui se battaient contre eux. À bien des égards, ils représentaient une menace plus dangereuse que les croisés, et ce n'est qu'au milieu du XIIIe siècle qu'un mamelouk, ou ancien guerrier esclave, d'Egypte, Baybars, put arrêter leur avance. Dans l'ensemble, l'image de l'Europe et du Moyen-Orient à l'époque des croisades était très complexe, qui ne peut être considérée uniquement dans les termes restreints d'un conflit de longue date entre chrétiens et musulmans.